🎧 Nghe bài viết
Doanh nghiệp phát hiện sai sót thuế GTGT đầu vào phải khai bổ sung ngay trước khi cơ quan thuế quyết định kiểm tra.
Vì sao doanh nghiệp cần nắm rõ hướng dẫn khai bổ sung thuế GTGT theo Công văn 17810?
Công văn 17810/HYE-QLDN2 ngày 01/10/2026 của Thuế tỉnh Hưng Yên hướng dẫn việc kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT khi doanh nghiệp phát hiện số thuế GTGT đầu vào đã kê khai, khấu trừ bị sai sót. Nội dung công văn dẫn chiếu trực tiếp khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-181-2025-ND-CP-huong-dan-Luat-Thue-gia-tri-gia-tang-646124.aspx), khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-713086.aspx), khoản 3 Điều 17 và điểm b khoản 3 Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx) ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính.
Điểm mấu chốt mà doanh nghiệp cần ghi nhớ: việc khai bổ sung chỉ được thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế. Nếu để cơ quan thuế phát hiện trước, doanh nghiệp không còn được khai bổ sung theo cơ chế tự giác mà sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Doanh nghiệp trên địa bàn Long Biên, Hà Nội cũng như trên toàn quốc áp dụng thống nhất nguyên tắc này.
Điều kiện và hồ sơ cần chuẩn bị khi phát hiện sai sót thuế GTGT đầu vào
Điều kiện tiên quyết là doanh nghiệp phải phát hiện và thực hiện khai bổ sung trước thời điểm cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế. Về hồ sơ, khoản 3 Điều 17 Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx) quy định hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế thực hiện theo điểm 1 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này; riêng hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã khai thuế theo Thông tư 18/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Doanh-nghiep/Circular-18-2026-TT-BTC-procedures-for-tax-administration-applicable-to-household-businesses-707996.aspx) (sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 50/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Doanh-nghiep/Thong-tu-50-2026-TT-BTC-sua-doi-Thong-tu-18-2026-TT-BTC-quan-ly-thue-ho-kinh-doanh-705455.aspx)) thì hồ sơ khai bổ sung chính là hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót đã được bổ sung.
Đối với thuế GTGT, việc khai bổ sung được hướng dẫn riêng tại điểm b khoản 3 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx). Trên thực tế, để hồ sơ được chấp nhận nhanh, doanh nghiệp nên chuẩn bị:
- Xác định rõ bản chất sai sót: làm tăng số thuế GTGT phải nộp, làm giảm số thuế được hoàn, hay chỉ làm thay đổi số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
- Tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót kèm bản giải trình nội dung điều chỉnh.
- Chứng từ, hóa đơn liên quan đến khoản thuế GTGT đầu vào bị kê khai, khấu trừ sai để xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu.
- Chứng từ nộp tiền thuế tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp).
Khai bổ sung vào kỳ phát sinh hay kỳ phát hiện sai sót?
Đây là nội dung cốt lõi của khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-181-2025-ND-CP-huong-dan-Luat-Thue-gia-tri-gia-tang-646124.aspx) và cũng là phần được Công văn 17810/HYE-QLDN2 hướng dẫn chi tiết. Việc chọn đúng kỳ khai bổ sung quyết định trực tiếp đến nghĩa vụ nộp thuế và tiền chậm nộp của doanh nghiệp.
Trường hợp thứ nhất: nếu việc khai vào tháng, quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc làm giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó, doanh nghiệp phải khai bổ sung vào chính tháng, quý phát sinh sai sót. Kèm theo đó, doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng, đồng thời nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp thứ hai: nếu việc khai vào tháng, quý phát sinh làm giảm số tiền thuế phải nộp, hoặc chỉ làm tăng hay giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau, doanh nghiệp khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót. Với trường hợp chỉ ảnh hưởng số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-713086.aspx) yêu cầu khai số thuế chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện sai, sót.
Một giới hạn cần đặc biệt lưu ý: doanh nghiệp chỉ được khai bổ sung tăng số thuế GTGT đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
Quy trình khai bổ sung thuế GTGT từng bước
- Xác định sai sót: So sánh số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trên tờ khai với số thực tế trên chứng từ; phân loại sai sót theo hai nhóm kỳ khai bổ sung nêu trên.
- Chuẩn bị hồ sơ: Hoàn thiện tờ khai bổ sung theo điểm 1 Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx), đính kèm bản giải trình và chứng từ liên quan.
- Nộp hồ sơ tới cơ quan thuế: Gửi qua hệ thống kê khai điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý địa phương.
- Kiểm tra phản hồi: Cơ quan thuế tiếp nhận, xác nhận hồ sơ và có thể yêu cầu bổ sung tài liệu giải trình.
- Thanh toán hoặc điều chỉnh:
- Nếu khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp: nộp đủ số thuế tăng thêm hoặc bị thu hồi số thuế đã hoàn tương ứng, kèm tiền chậm nộp (nếu có).
- Nếu khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp: được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
- Ghi nhận vào sổ kế toán: Cập nhật số thuế GTGT đầu vào còn được khấu trừ và các chỉ tiêu liên quan trên tờ khai kỳ tiếp theo.
Hệ quả pháp lý và nghĩa vụ tài chính khi khai bổ sung
| Trường hợp | Kỳ khai bổ sung | Nghĩa vụ tài chính |
|---|---|---|
| Khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn | Tháng, quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót | Nộp đủ số thuế tăng thêm hoặc bị thu hồi số thuế đã hoàn tương ứng, cộng tiền chậm nộp (nếu có) |
| Khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT phải nộp | Tháng, quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót | Được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền thuế nộp thừa (nếu có) |
| Chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau | Tháng, quý phát hiện sai, sót | Khai số thuế chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện; không phát sinh tiền chậm nộp |
| Khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định kiểm tra, thanh tra | Không được khai bổ sung | Bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo điểm b khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-713086.aspx) |
Câu hỏi thường gặp về khai bổ sung thuế GTGT
| Thuật ngữ | Term | Căn cứ pháp lý |
|---|---|---|
| Khấu trừ thuế GTGT | Input VAT Deduction | Khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-181-2025-ND-CP-huong-dan-Luat-Thue-gia-tri-gia-tang-646124.aspx) |
| Kê khai bổ sung | Supplementary filing | Khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-713086.aspx); Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx) |
Doanh nghiệp phát hiện sai sót sau khi đã nộp tờ khai, có phải nộp lại toàn bộ tờ khai không?
Theo khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-713086.aspx), doanh nghiệp khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót. Với thuế GTGT đầu vào bị kê khai, khấu trừ sai, việc kê khai được thực hiện theo quy định của pháp luật thuế GTGT và hướng dẫn tại điểm b khoản 3 Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx), tức là điều chỉnh trên tờ khai bổ sung của kỳ tương ứng chứ không phải lập lại toàn bộ hồ sơ của tất cả các kỳ.
Khi khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT, doanh nghiệp có được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp không?
Có. Khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-713086.aspx) quy định trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp thì người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
Trường hợp nào thì khai bổ sung vào kỳ phát hiện sai sót?
Theo điểm b khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Nghi-dinh-181-2025-ND-CP-huong-dan-Luat-Thue-gia-tri-gia-tang-646124.aspx), doanh nghiệp khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh thuế GTGT đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp, hoặc chỉ làm tăng hay giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.
Tóm tắt và bước tiếp theo
Doanh nghiệp phát hiện số thuế GTGT đầu vào kê khai, khấu trừ bị sai sót cần xác định đúng bản chất sai sót để chọn kỳ khai bổ sung: kỳ phát sinh nếu làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn, kỳ phát hiện nếu làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ thay đổi số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Hồ sơ lập theo điểm 1 Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-89-2026-TT-BTC-huong-dan-Luat-Quan-ly-thue-va-Nghi-dinh-252-2026-ND-CP-714011.aspx), nộp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra, kèm việc nộp đủ số thuế tăng thêm hoặc bị thu hồi số thuế đã hoàn và tiền chậm nộp (nếu có). Tuân thủ đúng hướng dẫn tại Công văn 17810/HYE-QLDN2 ngày 01/10/2026 giúp doanh nghiệp tránh được rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và bảo toàn dòng tiền.