Khi sáp nhập doanh nghiệp tại Việt Nam, công ty nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa toàn bộ quyền lợi và nghĩa vụ thuế của công ty bị sáp nhập, bao gồm cả
Tại sao doanh nghiệp cần nắm rõ quy định về thuế khi sáp nhập?
Quá trình sáp nhập doanh nghiệp (Business Merger) là một giao dịch phức tạp, không chỉ liên quan đến các vấn đề pháp lý, tài chính mà còn ẩn chứa nhiều thách thức về thuế. Việc không nắm rõ các quy định về thuế có thể dẫn đến những rủi ro pháp lý, phát sinh các khoản phạt không đáng có và ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp sau sáp nhập.
Tại Việt Nam, khi một doanh nghiệp sáp nhập vào doanh nghiệp khác, doanh nghiệp nhận sáp nhập sẽ kế thừa toàn bộ quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp bị sáp nhập. Điều này bao gồm cả các nghĩa vụ về thuế giá trị gia tăng (Value Added Tax – VAT), thuế thu nhập doanh nghiệp (Corporate Income Tax – CIT) và các nghĩa vụ liên quan đến hóa đơn.
Bài viết này của ANC Việt Nam sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết về các quy định pháp luật hiện hành, đặc biệt là các hướng dẫn từ Công văn 8308/TNI-QLDN2 của Thuế tỉnh Tây Ninh, giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn về trách nhiệm và quy trình thực hiện các nghĩa vụ thuế khi sáp nhập, đặc biệt là trong bối cảnh các quy định mới dự kiến có hiệu lực vào năm 2025 và 2026.
Kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ khi sáp nhập doanh nghiệp: Quy định và trách nhiệm
Một trong những vấn đề quan trọng nhất khi sáp nhập doanh nghiệp là việc kế thừa số thuế giá trị gia tăng (GTGT) còn được khấu trừ. Theo quy định pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp bị sáp nhập.
1. Trách nhiệm kế thừa nghĩa vụ thuế
Căn cứ điểm b khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế 2025, trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã:
- Doanh nghiệp bị sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các nghĩa vụ có liên quan đến hồ sơ thuế trước khi sáp nhập.
- Trường hợp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
Điều này có nghĩa là, nếu doanh nghiệp bị sáp nhập còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hoặc chưa được hoàn, doanh nghiệp nhận sáp nhập sẽ có quyền kế thừa và thực hiện các thủ tục liên quan để khấu trừ hoặc hoàn số thuế đó.
2. Hướng dẫn về hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ
Về việc hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ, Công văn 8308/TNI-QLDN2 ngày 5/10/2026 của Thuế tỉnh Tây Ninh đã giải đáp rõ ràng. Theo đó, việc hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ, công ty nhận sáp nhập thực hiện theo Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/N (Nguồn: Bộ Tài chính, Nghị định 181/2025/N)Đ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng. Nghị định này sẽ quy định cụ thể các trường hợp được hoàn thuế GTGT.
3. Thay đổi thông tin đăng ký thuế khi chuyển địa điểm kinh doanh
Trong quá trình sáp nhập, có thể phát sinh việc chuyển địa điểm kinh doanh đối với chi nhánh hoặc công ty. Việc này cần tuân thủ các quy định sau:
- Luật Doanh nghiệp 2020: Khoản 4 Điều 45 quy định doanh nghiệp chịu trách nhiệm đăng ký thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày có thay đổi.
- Thông tư 90/2026/TT-BTC (Nguồn: Bộ Tài chính, Thông tư 90/2026/TT-BTC): Khoản 1 Điều 9 quy định về địa điểm nộp và hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế khi không làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế (không làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp) bao gồm:
- Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC.
- Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, hoặc giấy chứng nhận đăng ký hoạt động đơn vị phụ thuộc, hoặc quyết định thành lập, hoặc giấy phép tương đương do cơ quan có thẩm quyền cấp nếu thông tin trên các giấy tờ này có thay đổi.
Đối với việc chuyển địa điểm của chi nhánh, Công văn 8308/TNI-QLDN2 nêu rõ rằng việc thực hiện trước hay sau khi hoàn thành thủ tục sáp nhập của hai công ty không thuộc phạm vi thẩm quyền trả lời của cơ quan thuế. Doanh nghiệp cần căn cứ vào hồ sơ và tình hình thực tế tại đơn vị để thực hiện đúng theo quy định pháp luật.
Thủ tục cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh cho doanh nghiệp bị sáp nhập
Trong một số trường hợp, doanh nghiệp bị sáp nhập hoặc doanh nghiệp mới thành lập sau sáp nhập có thể cần được cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh. Quy trình này được quy định chi tiết tại khoản 1 Điều 15 Thông tư 91/2026/TT-BTC (Nguồn: Bộ Tài chính, Thông tư 91/2026/TT-BTC).
Các bước thực hiện đề nghị cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh:
-
Gửi đơn đề nghị và lập hóa đơn:
- Doanh nghiệp gửi đơn đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo Mẫu số 06/ĐN-PSDT (Phụ lục III kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC).
- Truy cập vào Hệ thống thông tin quản lý thuế để lập hóa đơn điện tử.
- Lưu ý về nghĩa vụ nộp thuế khi đề nghị cấp hóa đơn:
- Nếu thuộc trường hợp được cấp hóa đơn bán hàng theo từng lần phát sinh (điểm a khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/N (Nguồn: Bộ Tài chính, Nghị định 254/2026/N)Đ-CP), doanh nghiệp phải nộp đầy đủ số thuế phát sinh trên hóa đơn đề nghị cấp theo quy định của pháp luật thuế GTGT, thu nhập cá nhân, thu nhập doanh nghiệp hoặc số phát sinh phải nộp theo pháp luật quản lý thuế và các loại thuế, phí khác (nếu có).
- Nếu thuộc trường hợp được cấp hóa đơn giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh (điểm b khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP), doanh nghiệp phải nộp số thuế GTGT trên hóa đơn GTGT theo từng lần phát sinh hoặc số phát sinh phải nộp theo pháp luật quản lý thuế.
- Nếu thuộc trường hợp được cấp hóa đơn bán tài sản công có mã của cơ quan thuế (điểm c khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP), doanh nghiệp không phải khai và nộp số thuế phát sinh trên hóa đơn đề nghị cấp.
-
Cơ quan thuế cấp mã hóa đơn:
- Sau khi tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã nộp đủ thuế hoặc số phát sinh phải nộp (nếu có), chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế sẽ cấp mã của cơ quan thuế trên hóa đơn điện tử.
- Doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh được cơ quan thuế cấp mã.
-
Khai hồ sơ khai thuế:
- Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh khai hồ sơ khai thuế theo quy định pháp luật về quản lý thuế.
Chính sách miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp mới thành lập sau sáp nhập
Một câu hỏi thường gặp từ các doanh nghiệp khi thực hiện sáp nhập là liệu doanh nghiệp mới thành lập do sáp nhập có được hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong 3 năm đầu hay không. Theo quy định hiện hành, câu trả lời là không.
Cụ thể, khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/N (Nguồn: Bộ Tài chính, Nghị định 20/2026/N)Đ-CP quy định về miễn, giảm thuế TNDN cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu như sau:
1. Điều kiện miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa
Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết số 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành mà còn thời gian áp dụng ưu đãi thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi theo quy định tại khoản này cho thời gian còn lại.
2. Các trường hợp không áp dụng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm
Tuy nhiên, quy định ưu đãi này không áp dụng đối với các trường hợp sau:
| STT | Trường hợp không được miễn thuế TNDN 3 năm | Căn cứ pháp lý |
|---|---|---|
| 1 | Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp. | Điểm b1 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP |
| 2 | Doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới. | Điểm b2 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP |
| 3 | Thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15. | Điểm b3 khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP |
Như vậy, theo quy định trên, doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập sẽ không được miễn thuế TNDN trong 3 năm đầu theo chính sách ưu đãi dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu. Điều này nhằm đảm bảo tính công bằng và tránh việc lạm dụng chính sách ưu đãi thông qua các hình thức tổ chức lại doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp về nghĩa vụ thuế khi sáp nhập doanh nghiệp
Doanh nghiệp nhận sáp nhập có phải chịu trách nhiệm cho các khoản nợ thuế của doanh nghiệp bị sáp nhập không?
Có. Theo điểm b khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế 2025, doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp bị sáp nhập nếu doanh nghiệp bị sáp nhập chưa hoàn thành các nghĩa vụ này trước khi sáp nhập. Điều này bao gồm cả các khoản nợ thuế, tiền phạt và tiền chậm nộp.
Việc chuyển địa điểm kinh doanh của chi nhánh có ảnh hưởng đến quá trình sáp nhập không?
Việc chuyển địa điểm kinh doanh của chi nhánh là một thủ tục hành chính riêng biệt, cần được thực hiện theo quy định tại khoản 4 Điều 45 Luật Doanh nghiệp 2020 và khoản 1 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Công văn 8308/TNI-QLDN2 nêu rõ thời điểm thực hiện việc chuyển địa điểm (trước hay sau sáp nhập) không thuộc thẩm quyền trả lời của cơ quan thuế, doanh nghiệp cần căn cứ tình hình thực tế để quyết định và đảm bảo tuân thủ pháp luật.
Doanh nghiệp mới thành lập sau sáp nhập có được hưởng ưu đãi thuế TNDN nào khác không?
Mặc dù doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập không được miễn thuế TNDN 3 năm đầu theo chính sách dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu (theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP), doanh nghiệp vẫn có thể được hưởng các ưu đãi thuế TNDN khác nếu đáp ứng các điều kiện về ngành nghề, địa bàn ưu đãi đầu tư hoặc các chính sách khuyến khích khác theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Tóm tắt các điểm chính và khuyến nghị cho doanh nghiệp
Sáp nhập doanh nghiệp là một quá trình phức tạp với nhiều tác động đến nghĩa vụ thuế. Để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa lợi ích, doanh nghiệp tại Việt Nam cần đặc biệt lưu ý các điểm sau:
- Kế thừa nghĩa vụ thuế: Doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa toàn bộ quyền lợi và nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp bị sáp nhập, bao gồm cả số thuế GTGT còn được khấu trừ. Việc hoàn thuế GTGT sẽ được thực hiện theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
- Thủ tục hành chính: Các thay đổi về thông tin đăng ký thuế, đặc biệt là việc chuyển địa điểm kinh doanh của chi nhánh, cần được thực hiện đúng thời hạn và hồ sơ theo Luật Doanh nghiệp 2020 và Thông tư 90/2026/TT-BTC.
- Hóa đơn điện tử: Doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình và hồ sơ đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, đồng thời đảm bảo nộp đủ các khoản thuế liên quan.
- Ưu đãi thuế TNDN: Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập sẽ không được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn có thể tìm hiểu các ưu đãi khác dựa trên ngành nghề hoặc địa bàn đầu tư.
Để đảm bảo quá trình sáp nhập diễn ra suôn sẻ và tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật về thuế, doanh nghiệp nên chủ động tìm hiểu kỹ lưỡng các văn bản pháp luật liên quan và cân nhắc tìm kiếm sự tư vấn từ các chuyên gia thuế. Nếu doanh nghiệp bạn cần hỗ trợ tư vấn chi tiết về các vấn đề thuế trong quá trình sáp nhập, ANC Việt Nam có thể cung cấp các giải pháp chuyên nghiệp.
💬 Cần tư vấn về chủ đề này?
Đội ngũ ANC Việt Nam — 10 năm tư vấn thuế & kế toán cho hàng nghìn doanh nghiệp — sẵn sàng rà soát chứng từ, hạch toán và hồ sơ khai thuế cho trường hợp cụ thể của bạn.