Chuyển địa điểm kinh doanh: Doanh nghiệp cần làm gì khi bị kiểm tra thuế tại trụ sở theo quy định 2025?

Tại sao doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình kiểm tra thuế khi thay đổi địa điểm kinh doanh?

Bạn có biết, hàng ngàn doanh nghiệp tại Việt Nam mỗi năm phải đối mặt với rủi ro chậm trễ hoặc bị phạt khi chuyển địa điểm kinh doanh do không hiểu rõ quy định về kiểm tra thuế? Việc thay đổi địa điểm trụ sở chính là một thủ tục hành chính quan trọng, đòi hỏi sự tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật về thuế. Đặc biệt, đối với những doanh nghiệp được cơ quan thuế xác định thuộc diện “rủi ro cao”, quy trình này sẽ phức tạp hơn rất nhiều với việc phải trải qua một cuộc kiểm tra tại trụ sở trước khi được phép hoàn tất thủ tục chuyển đi.

Nắm vững quy trình xử lý của cơ quan thuế không chỉ giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, tránh các sai sót không đáng có mà còn giảm thiểu tối đa thời gian chờ đợi, đảm bảo hoạt động kinh doanh không bị gián đoạn. Nếu không tuân thủ hoặc không hiểu rõ, doanh nghiệp có thể phải đối mặt với các hậu quả nghiêm trọng như bị phạt hành chính, chậm trễ trong việc cập nhật thông tin đăng ký kinh doanh, thậm chí là ảnh hưởng đến uy tín và các giao dịch với đối tác.

Bài viết này của ANC Việt Nam sẽ cung cấp một hướng dẫn chi tiết, từng bước về cách cơ quan thuế xử lý các trường hợp doanh nghiệp thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở trước khi chuyển địa điểm, dựa trên các quy định pháp luật mới nhất như Thông tư 90/2026/TT-BTC và Luật Quản lý thuế 2025. Đây là thông tin thiết yếu cho mọi chủ doanh nghiệp và kế toán viên tại Việt Nam.

Điều kiện xác định doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra khi chuyển địa điểm

Không phải mọi doanh nghiệp khi chuyển địa điểm đều phải trải qua quy trình kiểm tra tại trụ sở. Việc xác định doanh nghiệp thuộc diện phải kiểm tra được thực hiện dựa trên các tiêu chí quản lý rủi ro của cơ quan thuế. Theo điểm a khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15 (Luật Quản lý thuế 2025) và các quy định về áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế, cơ quan thuế sẽ đánh giá mức độ rủi ro của người nộp thuế để quyết định có cần kiểm tra tại trụ sở hay không.

Việc xác định người nộp thuế rủi ro cao thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở được thực hiện theo các quy định chuyên biệt về quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ trong lĩnh vực thuế. Các tiêu chí này giúp cơ quan thuế tập trung nguồn lực vào những trường hợp có khả năng vi phạm cao, đảm bảo công bằng và hiệu quả trong công tác quản lý thuế.

Hướng dẫn chi tiết quy trình xử lý của cơ quan thuế khi doanh nghiệp chuyển địa điểm và bị kiểm tra tại trụ sở

Khi doanh nghiệp thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở trước khi chuyển địa điểm, quy trình xử lý của cơ quan thuế sẽ diễn ra theo các bước cụ thể như sau, đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật theo Thông tư 90/2026/TT-BTC:

1. Bước 1: Người nộp thuế nộp hồ sơ thông báo thay đổi địa điểm

   Doanh nghiệp chuẩn bị đầy đủ hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi chuyển đi. Hồ sơ có thể được nộp trực tiếp, qua đường bưu chính hoặc thông qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

2. Bước 2: Cơ quan thuế nơi chuyển đi tiếp nhận hồ sơ và thông báo kiểm tra

   Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế, nếu hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo Mẫu số 42/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Thông báo này sẽ được gửi đến doanh nghiệp, trong đó dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra.

   ⏰ Hạn nộp: Cơ quan thuế phải thông báo kiểm tra tại trụ sở trong vòng 02 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ thay đổi địa điểm của doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao.

3. Bước 3: Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và xử lý vi phạm (nếu có)

   Cơ quan thuế sẽ cử đoàn kiểm tra đến trụ sở doanh nghiệp để thực hiện kiểm tra. Việc kiểm tra này nhằm rà soát tình hình tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp trước khi chuyển địa điểm, đảm bảo không có các nghĩa vụ thuế còn tồn đọng hoặc các vi phạm chưa được xử lý.

   Trong quá trình kiểm tra, các cán bộ thuế sẽ thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn theo quy định tại khoản 5 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025:

   • Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp:
     • Ban hành quyết định kiểm tra; điều chỉnh quyết định kiểm tra; bãi bỏ quyết định kiểm tra.
     • Chỉ đạo đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong quyết định kiểm tra thuế.
     • Áp dụng biện pháp quy định tại Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025.
     • Tạm dừng, tạm hoãn, gia hạn thời hạn kiểm tra.
     • Quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế theo thẩm quyền hoặc kết luận kiểm tra hoặc thông báo kết quả kiểm tra hoặc kiến nghị người có thẩm quyền kết luận, ban hành các quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế.
     • Chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để tiến hành thanh tra đối với vụ việc phức tạp, phạm vi rộng hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật đối với trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự.
     • Giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền.
   • Trưởng đoàn kiểm tra:
     • Tổ chức, chỉ đạo các thành viên đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung quyết định kiểm tra.
     • Yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế.
     • Áp dụng biện pháp quy định tại khoản 2 Điều 23 Luật Quản lý thuế 2019 (Lưu ý: Luật Quản lý thuế 2025 là Luật số 108/2025/QH15, có thể có sự nhầm lẫn về năm trong nguồn gốc, nhưng tôi sẽ giữ nguyên theo nguồn).
     • Quyết định việc niêm phong tài liệu, hàng hóa (nếu có) của đối tượng kiểm tra khi có căn cứ cho rằng có vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế.
     • Lập biên bản kiểm tra thuế, biên bản kiểm tra thuế xác định rõ hành vi vi phạm hành chính thì biên bản kiểm tra thuế của cơ quan thuế được xác định là biên bản vi phạm hành chính.
     • Báo cáo người ra quyết định kiểm tra về kết quả kiểm tra.
   • Thành viên đoàn kiểm tra:
     • Thực hiện nhiệm vụ theo sự phân công của Trưởng đoàn kiểm tra.

4. Bước 4: Ban hành Thông báo chuyển địa điểm sau kiểm tra

   Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) hoặc kết luận kiểm tra, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm theo Mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Thông báo này sẽ được gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến, chính thức xác nhận việc hoàn tất các thủ tục liên quan đến thuế tại nơi chuyển đi.

Tóm tắt quy trình và lời khuyên cho doanh nghiệp tại Long Biên, Hà Nội

Việc chuyển địa điểm kinh doanh, đặc biệt khi thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở, là một quy trình phức tạp đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật. Nắm vững các bước xử lý của cơ quan thuế, từ việc nộp hồ sơ, nhận thông báo kiểm tra, đến quá trình kiểm tra và nhận thông báo chuyển địa điểm, sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn, tránh được những rủi ro không đáng có.

Đối với các doanh nghiệp đang hoạt động tại Long Biên, Hà Nội hoặc có kế hoạch chuyển địa điểm, việc tìm hiểu kỹ lưỡng các quy định này là vô cùng cần thiết. Hãy luôn đảm bảo hồ sơ của bạn đầy đủ, chính xác và sẵn sàng hợp tác với cơ quan thuế để quá trình chuyển đổi diễn ra suôn sẻ nhất. Nếu có bất kỳ vướng mắc nào, đừng ngần ngại tìm kiếm sự tư vấn từ các chuyên gia thuế để đảm bảo tuân thủ đúng pháp luật và bảo vệ quyền lợi của doanh nghiệp mình.