Thay đổi quy trình và thủ tục miễn giảm thuế theo Công văn 5746/CT‑CS 2026
Bắt đầu từ 01/07/2026, các doanh nghiệp và cá nhân tại Việt Nam phải tuân thủ quy trình mới khi đề nghị miễn hoặc giảm thuế. Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 89/2026/TT‑BTC, và Cục Thuế đã công bố Công văn 5746/CT‑CS ngày 10/08/2026 để giới thiệu chi tiết nội dung của Thông tư này. Quy định mới áp dụng cho mọi đối tượng nộp thuế, bao gồm doanh nghiệp, cá nhân và các trường hợp liên quan đến Hiệp định thuế quốc tế.
Chi tiết các quy định mới và căn cứ pháp lý (Thông tư 89/2026/TT‑BTC)
Theo Điều 82 Thông tư 89/2026/TT‑BTC, quy trình giải quyết hồ sơ miễn giảm thuế được chia thành các trường hợp cụ thể, thay vì chỉ quy định thời hạn như trước. Dưới đây là bảng so sánh ngắn gọn:
| Quy định sau ngày 01/7/2026 | Quy định trước ngày 01/7/2026 |
|---|---|
| Bổ sung quy trình chi tiết cho 5 nhóm hồ sơ miễn giảm thuế: (i) tự xác định; (ii) cơ quan thuế xác định; (iii) đề nghị tại hồ sơ khai thuế; (iv) cơ quan, người có thẩm quyền xác định và ghi trên Phiếu chuyển thông tin; (v) theo Hiệp định thuế hoặc Điều ước quốc tế. | Chỉ quy định thời hạn trả kết quả, không có hướng dẫn chi tiết về trình tự. |
| Thêm quy định về thông báo rủi ro cao và chuyển sang kiểm tra (Điểm c khoản 2, 3, b khoản 5). | Không có quy định về thông báo rủi ro. |
| Quy định mới về thông báo mẫu 03‑1/MGTH cho hồ sơ không thuộc diện miễn giảm theo Hiệp định. | Thông báo mẫu 03/2021/TT‑BTC, thời hạn 30 ngày. |
| Đối với cá nhân thuộc diện miễn thuế thu nhập cá nhân (chuyên gia nước ngoài thực hiện dự án ODA, dự án phi chính phủ…) có quy trình riêng theo điểm a.3 khoản 6. | Không có quy định chi tiết cho trường hợp này. |
Những thay đổi này dựa trên Luật Quản lý thuế 2025 (Khoản 4 Điều 9) và Nghị định 252/2026/NĐ‑CP. Chúng nhằm tăng tính minh bạch, rút ngắn thời gian xử lý và ngăn ngừa rủi ro gian lận.
Bước thực hiện cho doanh nghiệp và cá nhân khi nộp hồ sơ miễn giảm thuế
Để đáp ứng quy định mới, doanh nghiệp và cá nhân cần thực hiện các bước sau:
- Bước 1: Xác định loại hồ sơ (tự xác định, do cơ quan thuế xác định, hoặc theo Hiệp định quốc tế).
- Bước 2: Chuẩn bị đầy đủ tài liệu theo mẫu 07/MGTH (đối với kiểm tra) hoặc 03‑1/MGTH (đối với không đủ điều kiện).
- Bước 3: Nộp hồ sơ qua hệ thống Quản lý thuế (e‑Tax) và lưu lại mã số hồ sơ.
- Bước 4: Theo dõi trạng thái hồ sơ; nếu có thông báo rủi ro, chuẩn bị tài liệu bổ sung trong vòng 10 ngày.
- Bước 5: Nhận quyết định miễn giảm thuế và thực hiện kế toán theo quy định.
Ví dụ thực tế:
Doanh nghiệp A nộp hồ sơ giảm thuế TNDN theo mẫu 07/MGTH. Cơ quan thuế xác định rủi ro cao và gửi Thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trong vòng 10 ngày. Doanh nghiệp A cung cấp đầy đủ chứng từ bổ sung và cuối cùng nhận được quyết định giảm thuế theo mức được chấp thuận.
Mức phạt và những điểm dễ sai khi thực hiện quy trình mới
Việc không tuân thủ đúng quy trình có thể dẫn đến các hình phạt sau:
- Thu hồi lại số thuế đã được miễn giảm nếu phát hiện gian lận, theo Điều 88 Thông tư 89/2026/TT‑BTC.
- Phạt hành chính theo quy định hiện hành của Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ‑CP (cụ thể phụ thuộc vào mức độ vi phạm).
- Việc không nộp thông báo rủi ro trong thời hạn 10 ngày có thể dẫn đến việc hồ sơ bị chuyển sang kiểm tra và có thể bị xử phạt.
Những lỗi thường gặp:
- Không phân biệt được hồ sơ tự xác định và hồ sơ do cơ quan thuế xác định.
- Thiếu chữ ký và dấu của người có thẩm quyền trên mẫu 07/MGTH.
- Không cập nhật thông tin thay đổi địa chỉ doanh nghiệp trong hệ thống e‑Tax.
Câu hỏi thường gặp (FAQ)
Doanh nghiệp có cần nộp lại hồ sơ miễn giảm thuế nếu thay đổi địa chỉ sau khi đã được chấp thuận?
Đúng, theo Điều 64 Thông tư 89/2026/TT‑BTC, mọi thay đổi địa chỉ, đại diện pháp luật hoặc cơ cấu tổ chức phải được thông báo và nộp lại hồ sơ để cơ quan thuế xem xét lại quyết định miễn giảm.
Trong trường hợp hồ sơ được xác định rủi ro cao, cơ quan thuế sẽ thông báo như thế nào?
Cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra theo mẫu số 07/MGTH (Phụ lục III) trong vòng 10 ngày kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, theo quy định tại Điều 88 Thông tư 89/2026/TT‑BTC.
Làm sao để doanh nghiệp chứng minh mình thuộc diện miễn giảm thuế theo Hiệp định quốc tế?
Doanh nghiệp cần nộp bản sao hợp đồng quốc tế, giấy chứng nhận ưu đãi thuế và bản dịch công chứng kèm theo mẫu 03‑1/MGTH. Các tài liệu này phải được xác nhận bởi cơ quan thuế địa phương và đáp ứng yêu cầu của Luật Quản lý thuế 2025.
Hành động ngay: Những việc doanh nghiệp cần làm để tuân thủ quy định mới
• Kiểm tra lại quy trình nội bộ và cập nhật mẫu hồ sơ theo Thông tư 89/2026/TT‑BTC.
• Đào tạo nhân viên kế toán về và để tránh sai sót.
• Thiết lập hệ thống cảnh báo tự động trong phần mềm e‑Tax để không bỏ lỡ thời hạn 10 ngày thông báo rủi ro.
• Liên hệ với ANC Việt Nam để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ.
Nếu doanh nghiệp bạn gặp khó khăn trong việc áp dụng quy trình mới, ANC Việt Nam có thể cung cấp và chuyên sâu, giúp bạn tuân thủ đúng thời hạn và giảm thiểu rủi ro.