Kiểm tra thuế tại trụ sở: Quy định mới giới hạn 1 lần/năm từ 01/7/2026 – Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Bạn có biết, từ ngày 01/7/2026, hàng triệu doanh nghiệp tại Việt Nam sẽ được hưởng một quy định mới quan trọng về kiểm tra thuế tại trụ sở? Đây là một thay đổi đáng kể trong Luật Quản lý thuế 2025, nhằm giảm thiểu gánh nặng hành chính và tạo điều kiện thuận lợi hơn cho hoạt động kinh doanh. Tuy nhiên, điều này cũng đặt ra yêu cầu cao hơn về sự chủ động và tuân thủ của người nộp thuế.

Cụ thể, từ thời điểm trên, cơ quan thuế sẽ chỉ thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề hoặc khi doanh nghiệp có các thay đổi về cơ cấu, hoạt động. Quy định này không chỉ giúp doanh nghiệp ổn định hoạt động mà còn thúc đẩy việc áp dụng các phương pháp quản lý rủi ro và kiểm tra điện tử hiện đại hơn từ phía cơ quan thuế.

Quy định chi tiết về giới hạn kiểm tra thuế 1 lần/năm và căn cứ pháp lý

Quy định về giới hạn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm được căn cứ rõ ràng tại điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Theo đó, các trường hợp cụ thể áp dụng giới hạn này bao gồm:

• Các trường hợp được cơ quan thuế lựa chọn theo kế hoạch kiểm tra hàng năm hoặc theo các chuyên đề kiểm tra cụ thể.
• Các trường hợp doanh nghiệp có sự thay đổi lớn về cơ cấu hoặc tình trạng pháp lý, bao gồm: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.

Điều quan trọng cần lưu ý là quy định này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra lại theo quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Điều này có nghĩa là nếu doanh nghiệp bị kiểm tra lại do phát hiện sai phạm nghiêm trọng hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, giới hạn 01 lần/năm sẽ không còn hiệu lực.

Áp dụng quản lý rủi ro trong lựa chọn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế từ 01/7/2026

Để đảm bảo tính công bằng và hiệu quả, cơ quan thuế tại Việt Nam sẽ áp dụng mạnh mẽ biện pháp quản lý rủi ro trong việc lựa chọn các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Điều này được quy định chi tiết tại Điều 17 Thông tư 94/2026/TT-BTC, với các nguyên tắc chính sau:

• Lựa chọn dựa trên rủi ro: Không dưới 90% tổng số trường hợp kiểm tra theo kế hoạch hàng năm sẽ được lựa chọn dựa trên kết quả phân tích, đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ pháp luật thuế và mức độ rủi ro của người nộp thuế. Các doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao sẽ được ưu tiên đưa vào danh sách kiểm tra.
• Lựa chọn ngẫu nhiên: Không quá 10% tổng số trường hợp kiểm tra theo kế hoạch hàng năm có thể được lựa chọn ngẫu nhiên, nhằm đảm bảo tính khách quan và bao quát.

Quá trình lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra được thực hiện dựa trên danh sách phân loại mức độ rủi ro, theo quy định tại Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC. Cơ quan thuế sẽ ưu tiên các trường hợp có mức độ rủi ro từ cao xuống thấp. Đặc biệt, việc lựa chọn này phải đảm bảo không chồng chéo về nội dung, phạm vi và thời gian với các hoạt động kiểm tra, thanh tra khác.

Để xác định chính xác các trường hợp cần kiểm tra, nội dung, phạm vi và thời gian kiểm tra, cơ quan thuế sẽ căn cứ vào kết quả phân tích rủi ro. Việc phân tích này được thực hiện thông qua ứng dụng công nghệ thông tin, phân tích nghiệp vụ chuyên sâu, và các thông tin thu thập được từ thực tế công tác quản lý thuế.

Cơ quan thuế cũng có quyền điều chỉnh kế hoạch kiểm tra. Nếu có thông tin tin cậy làm giảm mức độ rủi ro của một doanh nghiệp, cơ quan thuế có thể quyết định không đưa doanh nghiệp đó vào kế hoạch kiểm tra. Ngược lại, nếu phát hiện dấu hiệu rủi ro cao, doanh nghiệp có thể được bổ sung vào kế hoạch kiểm tra năm. Mọi quyết định thay đổi này đều phải được cơ quan thuế chịu trách nhiệm. Việc xây dựng và phê duyệt kế hoạch kiểm tra, cũng như các điều chỉnh bổ sung, đều phải tuân thủ chặt chẽ Luật Quản lý thuế 2025 và các văn bản hướng dẫn liên quan.

Kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử: Xu hướng mới từ 01/7/2026

Một điểm đáng chú ý khác trong công tác quản lý thuế tại Việt Nam là việc đẩy mạnh kiểm tra bằng phương thức điện tử. Theo Điều 89 Thông tư 89/2026/TT-BTC, kiểm tra trực tuyến, từ xa sẽ được áp dụng rộng rãi, bao gồm cả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Phương thức này được thực hiện thông qua cổng giao tiếp điện tử, dựa trên Hệ thống thông tin quản lý thuế và các thông tin, dữ liệu điện tử mà người nộp thuế cung cấp. Toàn bộ quá trình giải trình, trao đổi thông tin, thu thập tài liệu, lập biên bản và ban hành các văn bản, kết luận, quyết định xử lý đều được thực hiện bằng phương thức điện tử và có chữ ký điện tử theo quy định.

Khi kết thúc cuộc kiểm tra điện tử, tất cả các văn bản, tài liệu, dữ liệu điện tử liên quan sẽ được lưu trữ dưới dạng hồ sơ điện tử. Cổng giao tiếp điện tử với người nộp thuế sẽ được đóng lại. Tuy nhiên, nếu dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận và cần xác minh thực tế, cơ quan thuế vẫn có thể thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế.

Ví dụ minh họa: Công ty XYZ tại Hà Nội và quy định kiểm tra thuế

Ví dụ minh họa về giới hạn kiểm tra 1 lần/năm:

Công ty Cổ phần Phát triển Công nghệ XYZ (có trụ sở tại Hà Nội) đã thực hiện sáp nhập với Công ty TNHH ABC vào tháng 9/2026. Do sự kiện sáp nhập này, Công ty Cổ phần XYZ (sau sáp nhập) thuộc trường hợp được cơ quan thuế lựa chọn kiểm tra tại trụ sở theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Cơ quan thuế địa phương đã tiến hành kiểm tra vào tháng 11/2026.

Theo quy định mới có hiệu lực từ 01/7/2026, cuộc kiểm tra này sẽ là duy nhất trong năm 2026 đối với Công ty Cổ phần XYZ, trừ khi có phát hiện nghiêm trọng cần kiểm tra lại theo điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Điều này giúp doanh nghiệp ổn định hoạt động sau sáp nhập, giảm thiểu gián đoạn và tập trung vào phát triển kinh doanh mà không lo ngại về các cuộc kiểm tra thuế chồng chéo trong cùng một năm.

Kết luận: Doanh nghiệp chủ động tuân thủ để tối ưu lợi ích

Những quy định mới về kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, có hiệu lực từ 01/7/2026, đánh dấu một bước tiến quan trọng trong công tác quản lý thuế tại Việt Nam. Giới hạn kiểm tra không quá 01 lần/năm, cùng với việc áp dụng quản lý rủi ro và đẩy mạnh kiểm tra điện tử, không chỉ giảm gánh nặng hành chính mà còn thúc đẩy sự minh bạch và hiệu quả.

Để tận dụng tối đa những lợi ích từ các quy định này và đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế một cách chặt chẽ, các doanh nghiệp, đặc biệt là tại khu vực Long Biên, Hà Nội, cần chủ động cập nhật thông tin, xây dựng hệ thống kế toán vững chắc và chuẩn bị sẵn sàng cho các cuộc kiểm tra. Việc hiểu rõ các trường hợp được kiểm tra và quy trình áp dụng quản lý rủi ro sẽ giúp doanh nghiệp tự tin hơn trong hoạt động kinh doanh của mình.