Thông tư 94/2026: Các điểm mới về phân loại rủi ro và quản lý rủi ro trong nghiệp vụ thuế hóa đơn
- Dưới đây là bảng tổng hợp mức độ rủi ro và biện pháp quản lý tương ứng:
Nghiệp vụ Mức rủi ro Biện pháp quản lý Đăng ký thuế Cao Kiểm tra tại trụ sở, tạm dừng cấp mã số thuế Đăng ký thuế Trung bình Đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ, cảnh báo Đăng ký thuế Thấp Giám sát thường xuyên, không có biện pháp đặc biệt Hoàn thuế GTGT Cao Tạm dừng số tiền hoàn, kiểm tra chi tiết Hoàn thuế GTGT Trung bình Giám sát và yêu cầu bổ sung hồ sơ Hoàn thuế GTGT Thấp Thực hiện hoàn theo quy định bình thường Kiểm tra tại trụ sở Cao Lựa chọn tối đa 90% dựa trên rủi ro, kiểm tra chi tiết Kiểm tra tại trụ sở Trung bình Lựa chọn ngẫu nhiên 10% + 90% dựa trên rủi ro Miễn giảm thuế Cao Kiểm tra tại trụ sở trước khi quyết định Miễn giảm thuế Trung bình Giám sát và yêu cầu bổ sung hồ sơ Hóa đơn điện tử Cao Không cho phép đăng ký, ngừng sử dụng cho đến khi khắc phục Hóa đơn điện tử Trung bình Giám sát, yêu cầu cải thiện bảo mật Hóa đơn điện tử Thấp Cho phép đăng ký và sử dụng bình thườngVí dụ tính toán: Công ty X có doanh thu 10 tỷ đồng trong năm 2025, khai thuế GTGT 10% (1 tỷ đồng)
- ⚠️ Mức phạt: Doanh nghiệp không cập nhật đúng mức rủi ro có thể bị phạt:Rủi ro cao không thực hiện kiểm tra: phạt 0,5% doanh thu chịu thuế
- Rủi ro trung bình không thực hiện đôn đốc: phạt 0,2% doanh thu chịu thuế
- Theo Điều 12 Thông tư 94/2026/TT-BTC, mức phạt cụ thể:
Rủi ro cao không thực hiện kiểm tra: phạt 0,5% doanh thu chịu thuế - Rủi ro trung bình không thực hiện đôn đốc: phạt 0,2% doanh thu chịu thuế
Bắt đầu từ 01/7/2026, Thông tư 94/2026/TT-BTC sẽ áp dụng ba mức rủi ro (cao, trung bình, thấp) cho mọi nghiệp vụ thuế liên quan đến hóa đơn. Quy định này ảnh hưởng trực tiếp tới hàng triệu doanh nghiệp tại Việt Nam, đặc biệt là các doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử và các doanh nghiệp có trụ sở tại Long Biên, Hà Nội.
Thông tư 94/2026/TT-BTC thay thế Thông tư 31/2021/TT-BTC, đồng thời thống nhất cách phân loại rủi ro cho từng nghiệp vụ: đăng ký thuế, hoàn thuế, kiểm tra tại trụ sở, miễn giảm thuế và quản lý hóa đơn. Các doanh nghiệp và cá nhân nộp thuế cần nắm rõ để tránh các biện pháp xử phạt.
Chi tiết quy định và căn cứ pháp lý của Thông tư 94/2026/TT-BTC
Theo Điều 10 Thông tư 94/2026/TT-BTC, mức độ rủi ro được xác định dựa trên các chỉ tiêu đánh giá tuân thủ pháp luật thuế, bao gồm:
- Hồ sơ đăng ký thuế (mã số thuế, thời gian hoạt động)
- Lịch sử nộp thuế và các vi phạm trước đó
- Thông tin về hóa đơn điện tử và các giao dịch liên quan
Phụ lục kèm theo Thông tư quy định chi tiết các tiêu chí rủi ro cho từng nghiệp vụ. Dưới đây là bảng tổng hợp mức độ rủi ro và biện pháp quản lý tương ứng:
| Nghiệp vụ | Mức rủi ro | Biện pháp quản lý |
|---|---|---|
| Đăng ký thuế | Cao | Kiểm tra tại trụ sở, tạm dừng cấp mã số thuế |
| Đăng ký thuế | Trung bình | Đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ, cảnh báo |
| Đăng ký thuế | Thấp | Giám sát thường xuyên, không có biện pháp đặc biệt |
| Hoàn thuế GTGT | Cao | Tạm dừng số tiền hoàn, kiểm tra chi tiết |
| Hoàn thuế GTGT | Trung bình | Giám sát và yêu cầu bổ sung hồ sơ |
| Hoàn thuế GTGT | Thấp | Thực hiện hoàn theo quy định bình thường |
| Kiểm tra tại trụ sở | Cao | Lựa chọn tối đa 90% dựa trên rủi ro, kiểm tra chi tiết |
| Kiểm tra tại trụ sở | Trung bình | Lựa chọn ngẫu nhiên 10% + 90% dựa trên rủi ro |
| Miễn giảm thuế | Cao | Kiểm tra tại trụ sở trước khi quyết định |
| Miễn giảm thuế | Trung bình | Giám sát và yêu cầu bổ sung hồ sơ |
| Hóa đơn điện tử | Cao | Không cho phép đăng ký, ngừng sử dụng cho đến khi khắc phục |
| Hóa đơn điện tử | Trung bình | Giám sát, yêu cầu cải thiện bảo mật |
| Hóa đơn điện tử | Thấp | Cho phép đăng ký và sử dụng bình thường |
Ví dụ tính toán: Công ty X có doanh thu 10 tỷ đồng trong năm 2025, khai thuế GTGT 10% (1 tỷ đồng). Nếu công ty được xếp vào nhóm rủi ro cao trong việc hoàn thuế, số tiền hoàn sẽ bị tạm dừng cho tới khi kiểm tra hoàn thành.
- Rủi ro cao không thực hiện kiểm tra: phạt 0,5% doanh thu chịu thuế.
- Rủi ro trung bình không thực hiện đôn đốc: phạt 0,2% doanh thu chịu thuế.
- Vi phạm quy định về hóa đơn điện tử: phạt từ 10 triệu đến 50 triệu đồng.
Các bước doanh nghiệp cần thực hiện để tuân thủ Thông tư 94/2026
Để đáp ứng yêu cầu mới, doanh nghiệp nên thực hiện các bước sau:
- Kiểm tra và cập nhật dữ liệu: Đảm bảo hệ thống ERP/phần mềm kế toán có đầy đủ thông tin về mã số thuế, lịch sử nộp thuế và hồ sơ hóa đơn điện tử.
- Phân loại rủi ro nội bộ: Sử dụng công cụ phân tích rủi ro (có thể dựa trên phần mềm của Tổng cục Thuế) để xác định mức độ rủi ro cho từng nghiệp vụ.
- Áp dụng biện pháp quản lý: Đối với rủi ro cao, chuẩn bị sẵn sàng cho kiểm tra tại trụ sở; đối với rủi ro trung bình, thực hiện các biện pháp đôn đốc và giám sát.
- Đào tạo nhân viên: Tổ chức buổi đào tạo về quy trình mới, nhấn mạnh các điểm dễ sai và cách phòng tránh.
- Kiểm tra định kỳ: Đặt lịch kiểm tra nội bộ mỗi quý để cập nhật mức rủi ro và điều chỉnh biện pháp quản lý.
Deadline quan trọng: 01/7/2026 – ngày áp dụng chính thức. Doanh nghiệp cần hoàn thành các bước trên trước ngày này để tránh bị xếp vào nhóm rủi ro cao.
Mức phạt và những điểm dễ sai khi áp dụng Thông tư 94/2026
Những lỗi thường gặp:
- Không cập nhật đầy đủ thông tin về hóa đơn điện tử, dẫn đến xếp vào rủi ro cao.
- Thiếu hồ sơ đăng ký thuế mới khi có thay đổi về địa chỉ hoặc người đại diện.
- Không thực hiện kiểm tra định kỳ, khiến hệ thống rủi ro không phản ánh thực tế.
Theo Điều 12 Thông tư 94/2026/TT-BTC, mức phạt cụ thể:
- Rủi ro cao không thực hiện kiểm tra: phạt 0,5% doanh thu chịu thuế.
- Rủi ro trung bình không thực hiện đôn đốc: phạt 0,2% doanh thu chịu thuế.
- Vi phạm quy định về hóa đơn điện tử: phạt từ 10 triệu đến 50 triệu đồng.
Câu hỏi thường gặp (FAQ)
Doanh nghiệp có cần thay đổi phần mềm kế toán để đáp ứng Thông tư 94/2026?
Có. Phần mềm kế toán phải tích hợp mô-đun phân loại rủi ro và hỗ trợ cập nhật dữ liệu thời gian thực, theo quy định của Tổng cục Thuế. Nếu phần mềm hiện tại không đáp ứng, doanh nghiệp nên nâng cấp hoặc chuyển sang giải pháp được cơ quan thuế công nhận.
Làm sao để xác định mức rủi ro cao trong hồ sơ hoàn thuế GTGT?
Áp dụng tiêu chí trong Phụ lục I của Thông tư 94/2026/TT-BTC: nếu doanh nghiệp có lịch sử vi phạm thuế trong 2 năm gần nhất, hoặc có số tiền hoàn > 5% doanh thu, sẽ được xếp vào rủi ro cao. Khi đó, số tiền hoàn sẽ bị tạm dừng cho tới khi kiểm tra chi tiết.
Hóa đơn điện tử bị xếp vào rủi ro cao có nghĩa là gì và doanh nghiệp phải làm gì?
Rủi ro cao trong sử dụng hóa đơn điện tử nghĩa là hệ thống không đáp ứng tiêu chuẩn bảo mật hoặc có dấu hiệu gian lận. Doanh nghiệp phải ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, thực hiện kiểm tra nội bộ và nộp báo cáo cho cơ quan thuế địa phương (ví dụ Chi cục Thuế Long Biên) trước khi được phép đăng ký lại.
Hành động doanh nghiệp cần làm ngay
• Kiểm tra ngay hệ thống dữ liệu thuế và cập nhật các thông tin còn thiếu.
• Lập kế hoạch thực hiện các biện pháp quản lý rủi ro theo mức độ đã xác định.
• Liên hệ Chi cục Thuế Long Biên hoặc Cục Thuế Hà Nội để được hướng dẫn chi tiết nếu cần.