Khấu trừ Thuế GTGT Hàng Nhập Khẩu Tái Xuất 2025: Hướng Dẫn Chi Tiết & Công Văn 9527

Tại sao việc khấu trừ thuế GTGT cho hàng hóa nhập khẩu tái xuất lại quan trọng với doanh nghiệp Việt Nam?

Hơn 40% doanh nghiệp nhập khẩu tại Việt Nam gặp khó khăn trong việc xác định đúng nghĩa vụ thuế và quyền lợi khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó tái xuất. Điều này không chỉ gây lãng phí nguồn lực tài chính do không khấu trừ được số thuế đáng lẽ được hưởng mà còn tiềm ẩn rủi ro bị xử phạt hành chính do kê khai sai quy định. Trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế sâu rộng, việc nhập khẩu nguyên vật liệu, hàng hóa để sản xuất hoặc kinh doanh rồi sau đó phải tái xuất (do thay đổi kế hoạch, không còn nhu cầu sử dụng, hoặc trả lại nhà cung cấp) là nghiệp vụ thường xuyên của nhiều doanh nghiệp.

Việc hiểu rõ và áp dụng đúng các quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hàng hóa nhập khẩu tái xuất là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tối ưu hóa dòng tiền, đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế và tránh những rủi ro không đáng có. Đặc biệt, với sự ra đời của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và các văn bản hướng dẫn chi tiết như Nghị định 181/2025/NĐ-CP cùng Công văn 9527/NBI-QLDN1 của Cục Thuế tỉnh Ninh Bình, việc cập nhật kiến thức và quy trình là vô cùng cần thiết cho mọi kế toán viên và chủ doanh nghiệp tại Việt Nam.

Điều kiện và hồ sơ cần chuẩn bị để khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu tái xuất

Để đảm bảo quyền lợi khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hàng hóa nhập khẩu sau đó tái xuất, doanh nghiệp cần đáp ứng đầy đủ các điều kiện và chuẩn bị bộ hồ sơ theo quy định của pháp luật thuế hiện hành tại Việt Nam, đặc biệt là Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và hướng dẫn từ Công văn 9527/NBI-QLDN1.

1. Điều kiện chung để khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Theo khoản 1 và khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng các điều kiện sau:

• Hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ này được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bị tổn thất, hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển.
• Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp: Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.

2. Điều kiện đặc thù cho hàng hóa xuất khẩu (bao gồm tái xuất)

Đối với hàng hóa xuất khẩu (trong đó có trường hợp tái xuất trả lại nhà cung cấp nước ngoài), ngoài các điều kiện chung nêu trên, doanh nghiệp còn phải có:

• Hợp đồng ký kết với bên nước ngoài: Về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Trong trường hợp tái xuất trả lại, đây có thể là phụ lục hợp đồng, biên bản thỏa thuận trả hàng hoặc các chứng từ tương đương thể hiện việc trả lại hàng hóa cho nhà cung cấp nước ngoài.
• Hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ: Hóa đơn GTGT xuất khẩu (thường áp dụng thuế suất 0%) cho hàng hóa tái xuất.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Chứng minh việc thanh toán hoặc hoàn trả tiền liên quan đến giao dịch tái xuất.
• Tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu: Chứng minh hàng hóa đã được thông quan để xuất khẩu ra nước ngoài.
• Các chứng từ vận chuyển khác (nếu có): Phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa.

3. Hồ sơ cần chuẩn bị

Dựa trên các điều kiện trên, bộ hồ sơ cần chuẩn bị để khấu trừ thuế GTGT cho hàng hóa nhập khẩu tái xuất bao gồm:

• Tờ khai hải quan nhập khẩu: Chứng minh hàng hóa đã được nhập khẩu vào Việt Nam.
• Chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu: Biên lai nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc chứng từ tương đương.
• Hợp đồng mua bán hàng hóa với đối tác nước ngoài: Hợp đồng gốc khi nhập khẩu và các văn bản điều chỉnh, phụ lục (nếu có) liên quan đến việc trả lại hàng.
• Hóa đơn GTGT xuất khẩu: Hóa đơn điện tử hoặc hóa đơn giấy (nếu được phép) lập khi xuất trả hàng hóa cho nhà cung cấp nước ngoài, ghi rõ thuế suất 0% nếu đủ điều kiện.
• Tờ khai hải quan xuất khẩu: Chứng minh hàng hóa đã được tái xuất ra khỏi lãnh thổ Việt Nam.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Sao kê ngân hàng, ủy nhiệm chi chứng minh việc thanh toán khi nhập khẩu và các giao dịch hoàn tiền/thanh toán liên quan đến việc tái xuất.
• Các chứng từ vận chuyển, bảo hiểm (nếu có): Vận đơn, phiếu đóng gói, chứng từ bảo hiểm.
• Các quyết định nội bộ của doanh nghiệp: Về việc thay đổi kế hoạch sản xuất, không còn nhu cầu sử dụng hàng hóa dẫn đến việc tái xuất.

Quy trình thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu tái xuất theo Công văn 9527

Công văn 9527/NBI-QLDN1 của Cục Thuế tỉnh Ninh Bình, ban hành ngày 23/7/2026, đã cung cấp hướng dẫn cụ thể về việc khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu nguyên vật liệu phục vụ sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT, đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất trả lại nhà cung cấp. Quy trình thực hiện bao gồm:

1. Kiểm tra xem hàng hóa nhập khẩu có đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 hay không.
2. Thu thập và hoàn thiện hồ sơ theo mục “Hồ sơ cần chuẩn bị” ở trên.
3. Gửi hồ sơ tới Chi cục Thuế Long Biên (hoặc cơ quan thuế có thẩm quyền) để được xác nhận tính hợp lệ.
4. Nếu hồ sơ được chấp nhận, doanh nghiệp sẽ ghi nhận số thuế GTGT được khấu trừ trong tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT) của kỳ tương ứng.
5. Đối với hàng hóa xuất trả có thuế suất 0% theo Điều 9 Luật GTGT 2024, doanh nghiệp phải khai báo giá trị hàng hóa xuất trả tại chỉ tiêu [29] – Hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế suất 0% trên tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT quý II/2026 (hoặc kỳ tương ứng).

Việc thực hiện đúng quy trình sẽ giúp doanh nghiệp được khấu trừ số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu, giảm chi phí thực tế và tránh các rủi ro pháp lý.

Thời điểm xác định thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu tái xuất

Theo khoản 1 Điều 8 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, thời điểm xác định thuế GTGT đối với hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, hoặc thời điểm lập hóa đơn, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa. Đối với hàng hóa xuất khẩu, thời điểm xác định thuế GTGT do người bán tự xác định nhưng không được vượt quá ngày xuất khẩu thực tế, theo quy định tại Mục 2 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Do đó, khi hàng hóa nhập khẩu được tái xuất, doanh nghiệp cần xác định thời điểm xuất khẩu thực tế để áp dụng mức thuế suất 0% và thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đúng thời điểm.