Phân bổ thuế TNDN 2026: Hướng dẫn chi tiết theo Thông tư 89/2026

Tại sao việc nắm rõ quy định phân bổ thuế TNDN 2026 lại cực kỳ quan trọng với doanh nghiệp Việt Nam?

Hơn 70% doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc hoặc hoạt động kinh doanh tại nhiều tỉnh thành tại Việt Nam thường xuyên gặp phải những vướng mắc trong việc xác định và phân bổ nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của mình. Sự phức tạp này không chỉ gây khó khăn trong công tác kế toán mà còn tiềm ẩn rủi ro lớn về tuân thủ pháp luật thuế. Việc không nắm rõ hoặc áp dụng sai các quy định về phân bổ thuế TNDN có thể dẫn đến những hậu quả nghiêm trọng như bị xử phạt hành chính, truy thu thuế, và ảnh hưởng tiêu cực đến uy tín của doanh nghiệp.

Trong bối cảnh đó, Thông tư 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, có hiệu lực từ ngày 01 tháng 7 năm 2026, đóng vai trò là kim chỉ nam quan trọng, hướng dẫn chi tiết về khai thuế, nộp thuế và quyết toán thuế TNDN đối với các trường hợp phải phân bổ. Đây là văn bản pháp lý mà mọi doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt là những doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh đa tỉnh, cần phải nghiên cứu kỹ lưỡng để đảm bảo tuân thủ đúng quy định, tránh những sai sót không đáng có.

Bài viết này của ANC Việt Nam sẽ cung cấp một hướng dẫn toàn diện, chi tiết về các quy định phân bổ thuế TNDN theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, giúp doanh nghiệp hiểu rõ từng trường hợp cụ thể, quy trình thực hiện và những lưu ý quan trọng để tối ưu hóa việc quản lý thuế của mình. Đặc biệt, các doanh nghiệp tại Long Biên, Hà Nội sẽ dễ dàng áp dụng các quy định này khi làm việc với Chi cục Thuế Long Biên.

Điều kiện áp dụng và hồ sơ cần chuẩn bị cho việc phân bổ thuế TNDN theo Thông tư 89/2026

Để thực hiện việc phân bổ thuế TNDN theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, doanh nghiệp cần đáp ứng các điều kiện nhất định và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định. Việc này đảm bảo tính minh bạch và chính xác trong quá trình kê khai và nộp thuế.

1. Điều kiện áp dụng phân bổ thuế TNDN

Theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và hướng dẫn của Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế áp dụng phương pháp doanh thu, chi phí để xác định thu nhập chịu thuế TNDN phải thực hiện phân bổ thuế TNDN trong các trường hợp sau:

• Hoạt động kinh doanh xổ số, điện toán.
• Hoạt động chuyển nhượng bất động sản.
• Hoạt động của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất tại tỉnh khác nơi đặt trụ sở chính.
• Hoạt động của nhà máy thủy điện nằm trên địa bàn nhiều tỉnh.

Các trường hợp này đòi hỏi việc xác định doanh thu, chi phí và lợi nhuận phát sinh tại từng địa phương để phân bổ nghĩa vụ thuế một cách hợp lý, đảm bảo nguồn thu cho ngân sách nhà nước tại các địa bàn có hoạt động kinh doanh.

2. Hồ sơ cần chuẩn bị

Mặc dù Thông tư 89/2026/TT-BTC không quy định riêng một bộ hồ sơ “phân bổ thuế TNDN”, nhưng để thực hiện đúng quy trình, doanh nghiệp cần chuẩn bị các tài liệu sau đây, chủ yếu là các hồ sơ liên quan đến kê khai và quyết toán thuế TNDN chung, cùng với các tài liệu nội bộ để phục vụ việc xác định số thuế phân bổ:

• Tờ khai quyết toán thuế TNDN (Mẫu số 03/TNDN): Đây là tờ khai tổng hợp cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp trên toàn quốc, được nộp tại trụ sở chính.
• Báo cáo tài chính năm: Bao gồm Bảng cân đối kế toán, Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh, Báo cáo lưu chuyển tiền tệ và Thuyết minh báo cáo tài chính.
• Các phụ lục kèm theo tờ khai quyết toán thuế TNDN:
  • Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh (Mẫu 03-1A/TNDN, 03-1B/TNDN, 03-1C/TNDN tùy loại hình).
  • Phụ lục chuyển lỗ từ các năm trước (Mẫu 03-2/TNDN).
  • Phụ lục về ưu đãi thuế TNDN (Mẫu 03-3A/TNDN, 03-3B/TNDN, 03-3C/TNDN).
  • Các phụ lục khác liên quan đến giao dịch liên kết (nếu có).
• Bảng kê phân bổ số thuế TNDN phải nộp cho các địa phương: Đây là tài liệu nội bộ hoặc theo mẫu hướng dẫn cụ thể của cơ quan thuế (nếu có) để chi tiết hóa việc phân bổ số thuế TNDN phải nộp cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh. Bảng kê này cần thể hiện rõ cơ sở phân bổ (doanh thu, chi phí, tỷ lệ…).
• Hồ sơ, chứng từ chứng minh doanh thu, chi phí phát sinh tại từng địa phương: Bao gồm hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, sổ sách kế toán chi tiết theo từng đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh để làm căn cứ xác định số liệu phân bổ.
• Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước: Các chứng từ đã nộp tiền thuế TNDN tạm tính hàng quý tại các tỉnh.

Quy trình khai, nộp, quyết toán thuế TNDN phân bổ theo Thông tư 89/2026 cho từng trường hợp cụ thể

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết quy trình khai, nộp và quyết toán thuế TNDN cho từng trường hợp phải phân bổ. Dưới đây là hướng dẫn cụ thể cho 4 trường hợp chính:

1. Đối với hoạt động kinh doanh xổ số, điện toán

Hoạt động kinh doanh xổ số, điện toán thường có phạm vi hoạt động rộng khắp nhiều tỉnh thành, do đó việc phân bổ thuế TNDN là cần thiết để đảm bảo nguồn thu cho ngân sách địa phương.

1.1. Khai thuế, tạm nộp thuế hàng quý

• Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế quý cho hoạt động này.
• Doanh nghiệp phải tự xác định số thuế TNDN tạm nộp hàng quý theo quy định tại điểm b.1 khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Số thuế tạm nộp này phải được nộp vào ngân sách nhà nước cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh xổ số, điện toán.

1.2. Quyết toán thuế

• Người nộp thuế khai quyết toán thuế TNDN chung cho toàn bộ hoạt động xổ số, điện toán tại trụ sở chính.
• Nếu số thuế đã tạm nộp theo quý nhỏ hơn số thuế phải nộp phân bổ cho từng tỉnh, doanh nghiệp phải nộp phần còn thiếu cho các tỉnh tương ứng.
• Nếu số thuế đã tạm nộp lớn hơn số thuế phải nộp, phần thừa sẽ được xử lý theo Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025 và Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

2. Đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản

2.1. Khai thuế, tạm nộp thuế hàng quý

• Không cần nộp hồ sơ khai thuế quý, nhưng doanh nghiệp phải xác định số thuế tạm nộp hàng quý theo điểm b.2 khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Số thuế tạm nộp được nộp vào ngân sách nhà nước cho từng tỉnh nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản.

2.2. Quyết toán thuế

• Doanh nghiệp khai quyết toán thuế TNDN chung cho toàn bộ hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại trụ sở chính.
• Số thuế đã tạm nộp trong năm tại các tỉnh sẽ được trừ vào số thuế phải nộp cho hoạt động chuyển nhượng bất động sản của từng tỉnh.
• Nếu sau khi trừ vẫn còn thiếu, doanh nghiệp phải nộp phần còn lại cho tỉnh nơi trụ sở chính đặt.
• Nếu số thuế đã tạm nộp lớn hơn số thuế phải nộp, phần thừa sẽ được xử lý theo Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025 và Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

3. Đối với đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất

3.1. Khai thuế, tạm nộp thuế hàng quý

• Không cần nộp hồ sơ khai thuế quý, nhưng doanh nghiệp phải xác định số thuế tạm nộp hàng quý theo điểm b.3 khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Số thuế tạm nộp được nộp vào ngân sách nhà nước cho từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất, kể cả nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi thuế.

3.2. Quyết toán thuế

• Doanh nghiệp khai quyết toán thuế TNDN chung cho toàn bộ hoạt động sản xuất, kinh doanh tại trụ sở chính và phân bổ số thuế cho từng tỉnh có cơ sở sản xuất.
• Đối với hoạt động được hưởng ưu đãi thuế, doanh nghiệp khai quyết toán tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, xác định số thuế phải nộp và nộp vào ngân sách nhà nước cho tỉnh nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi.
• Trường hợp số thuế đã tạm nộp nhỏ hơn số thuế phải nộp theo quyết toán, doanh nghiệp phải nộp phần thiếu cho tỉnh nơi trụ sở chính đặt.
• Trường hợp số thuế đã tạm nộp lớn hơn số thuế phải nộp, phần thừa sẽ được xử lý theo Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025 và Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

4. Đối với nhà máy thủy điện nằm trên địa bàn nhiều tỉnh (nếu áp dụng)

Trong trường hợp đặc biệt này, doanh nghiệp cũng áp dụng quy trình tương tự: không nộp hồ sơ khai thuế quý, xác định số thuế tạm nộp theo điểm b.4 khoản 4 Điều 21, và thực hiện quyết toán chung tại trụ sở chính, sau đó phân bổ và nộp phần thuế cho từng tỉnh.