Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế 2026: Hướng dẫn chi tiết theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Tại sao doanh nghiệp cần nắm rõ quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở theo Thông tư 89/2026/TT-BTC?

Theo thống kê gần đây, hơn 70% doanh nghiệp tại Việt Nam đã từng đối mặt với các cuộc kiểm tra thuế và không ít trong số đó đã bị xử phạt hành chính do thiếu sự chuẩn bị hoặc chưa nắm rõ quy định pháp luật. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế là một hoạt động thường xuyên và bắt buộc của cơ quan quản lý thuế nhằm đảm bảo tính tuân thủ pháp luật về thuế của các tổ chức, cá nhân. Đối với mỗi doanh nghiệp, việc hiểu rõ trình tự, thủ tục, quyền và nghĩa vụ của mình trong quá trình này không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro bị phạt mà còn tạo điều kiện thuận lợi cho việc hợp tác với cơ quan thuế, đảm bảo hoạt động kinh doanh diễn ra suôn sẻ.

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Đây là văn bản pháp lý cực kỳ quan trọng, định hình lại toàn bộ trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế tại Việt Nam. Mọi doanh nghiệp, đặc biệt là các kế toán viên, giám đốc tài chính và chủ doanh nghiệp, cần phải cập nhật và nắm vững những quy định mới này để chủ động trong công tác quản lý thuế, tránh những sai sót không đáng có và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình.

Chúng tôi, đội ngũ chuyên gia thuế tại ANC Việt Nam – Chi nhánh Long Biên, Hà Nội, luôn sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ và tuân thủ đúng quy trình.

• Bị xử phạt hành chính: Các hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn có thể dẫn đến các mức phạt tiền từ vài triệu đến hàng trăm triệu đồng, tùy thuộc vào mức độ và tính chất vi phạm.
• Truy thu thuế: Doanh nghiệp có thể bị truy thu số tiền thuế thiếu, kèm theo tiền chậm nộp, gây ảnh hưởng lớn đến dòng tiền và kế hoạch tài chính.
• Ảnh hưởng uy tín: Việc bị xử phạt hoặc có lịch sử vi phạm thuế có thể làm giảm uy tín của doanh nghiệp trước đối tác, khách hàng và các tổ chức tín dụng.
• Rủi ro hình sự: Trong trường hợp phát hiện hành vi trốn thuế, gian lận thuế có dấu hiệu hình sự, hồ sơ có thể bị chuyển sang cơ quan điều tra, gây ra những hậu quả pháp lý nghiêm trọng hơn.

Chính vì vậy, việc trang bị kiến thức về Thông tư 89/2026/TT-BTC là điều kiện tiên quyết để doanh nghiệp hoạt động hiệu quả và bền vững trong môi trường pháp lý thuế tại Việt Nam.

Điều kiện và hồ sơ cần chuẩn bị trước khi cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp

Trước khi một cuộc kiểm tra thuế tại trụ sở được tiến hành, cơ quan thuế sẽ dựa trên các tiêu chí rủi ro để lựa chọn doanh nghiệp. Việc chuẩn bị kỹ lưỡng hồ sơ, tài liệu không chỉ giúp doanh nghiệp tự tin hơn mà còn rút ngắn thời gian kiểm tra và giảm thiểu khả năng phát hiện sai sót. Dưới đây là danh sách các điều kiện và hồ sơ mà doanh nghiệp cần chuẩn bị:

1. Điều kiện để cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế

Theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 và Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sẽ ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với các trường hợp có rủi ro về thuế, bao gồm:

• Doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế qua phân tích dữ liệu, thông tin.
• Doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
• Doanh nghiệp có sự thay đổi lớn về quy mô, ngành nghề, hoặc có giao dịch bất thường.
• Doanh nghiệp có kết quả kinh doanh không phù hợp với ngành nghề, quy mô.
• Theo kế hoạch kiểm tra định kỳ hoặc chuyên đề của cơ quan thuế.

Quyết định kiểm tra thuế phải được ban hành bằng mẫu số 06/KTT (Phụ lục IV) và gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký.

2. Hồ sơ và tài liệu cần chuẩn bị

Để đảm bảo cuộc kiểm tra diễn ra thuận lợi, doanh nghiệp cần rà soát và chuẩn bị sẵn sàng các loại hồ sơ, tài liệu sau:

• Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp: Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, giấy phép kinh doanh (nếu có), điều lệ công ty, các quyết định thành lập, thay đổi đăng ký kinh doanh.
• Hệ thống sổ sách kế toán:
  • Sổ cái, sổ chi tiết các tài khoản (tiền mặt, tiền gửi ngân hàng, công nợ phải thu, phải trả, hàng tồn kho, tài sản cố định, doanh thu, chi phí, lợi nhuận).
  • Sổ quỹ tiền mặt, sổ tiền gửi ngân hàng.
  • Sổ chi tiết công nợ theo từng đối tượng.
  • Sổ chi tiết hàng tồn kho, thẻ kho.
  • Sổ chi tiết tài sản cố định, công cụ dụng cụ.
• Báo cáo tài chính:
  • Bảng cân đối kế toán.
  • Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh.
  • Báo cáo lưu chuyển tiền tệ.
  • Thuyết minh báo cáo tài chính.
• Tờ khai thuế và các phụ lục:
  • Tờ khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT) hàng tháng/quý.
  • Tờ khai thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tạm tính quý và quyết toán năm.
  • Tờ khai thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) tháng/quý và quyết toán năm.
  • Tờ khai các loại thuế khác (thuế môn bài, thuế tài nguyên, thuế tiêu thụ đặc biệt, v.v.) nếu có.
  • Các phụ lục kèm theo tờ khai (ví dụ: bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào/bán ra).
• Hóa đơn, chứng từ gốc:
  • Hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra.
  • Phiếu thu, phiếu chi, phiếu nhập kho, phiếu xuất kho.
  • Giấy báo nợ, giấy báo có của ngân hàng.
  • Hợp đồng kinh tế (mua bán, dịch vụ, thuê tài sản, vay mượn).
  • Biên bản nghiệm thu.

Trình tự thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết các bước thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế như sau:

1. Ban hành Quyết định kiểm tra thuế
   • Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.
   • Quyết định được lập theo mẫu số 06/KTT (Phụ lục IV) và phải có nội dung, thời kỳ có rủi ro, trừ kiểm tra hoàn thuế.
   • Thời hạn kiểm tra được xác định theo điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025; nếu cần gia hạn, trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định gia hạn (mẫu 07/KTT).
   • Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc kiểm tra trước hoàn thuế, quyết định kiểm tra phải được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo tiếp nhận hồ sơ.
   • Quyết định kiểm tra phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký.
2. Công bố Quyết định kiểm tra thuế
   • Quyết định phải được công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành, trừ trường hợp phải bãi bỏ hoặc hoãn thời gian kiểm tra.
   • Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra (mẫu 08/KTT) và thông báo cho người nộp thuế.
3. Bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế
   • Quyết định sẽ bị bãi bỏ nếu nội dung và kỳ kiểm tra trùng lặp với quyết định thanh tra, kiểm tra của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
   • Nếu người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh, hoặc có văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế trước khi công bố quyết định kiểm tra.
   • Trong các trường hợp doanh nghiệp có rủi ro cao (chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh) và đã được cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận không thực hiện các hành vi trên, quyết định cũng có thể bị bãi bỏ.
   • Nếu trước khi công bố quyết định, người nộp thuế cung cấp tài liệu, giải trình chứng minh số thuế khai là đúng và đã nộp đủ, quyết định có thể bị bãi bỏ.
   • Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định bãi bỏ (mẫu 09/KTT) cho các trường hợp quy định tại điểm c khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
4. Thực hiện kiểm tra tại trụ sở
   • Đoàn kiểm tra sẽ đến trụ sở người nộp thuế, kiểm tra hồ sơ, sổ sách, chứng từ và thực hiện các thủ tục kiểm tra theo quy định.
   • Trong quá trình kiểm tra, người nộp thuế có quyền yêu cầu giải thích, cung cấp bổ sung tài liệu và đề xuất các biện pháp khắc phục nếu phát hiện sai sót.
   • Sau khi hoàn thành, đoàn kiểm tra lập Biên bản kiểm tra (mẫu 10/KTT) và gửi cho người nộp thuế để xem xét.

Kết luận

Việc nắm vững trình tự và thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, đặc biệt là các thời hạn, mẫu biểu và các trường hợp bãi bỏ quyết định, là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro và duy trì uy tín tài chính. Đối với doanh nghiệp tại Long Biên, Hà Nội, hãy liên hệ ngay với ANC Việt Nam để được tư vấn chi tiết, chuẩn bị hồ sơ và hỗ trợ thực hiện kiểm tra thuế một cách hiệu quả.