Thông tư 89/2026: Hướng dẫn thay đổi hồ sơ khai thuế GTGT, TNCN từ 1/7/2026

Hơn 70% doanh nghiệp Việt Nam có nguy cơ gặp sai sót: Tại sao việc nắm rõ Thông tư 89/2026 về hồ sơ khai thuế là cực kỳ quan trọng?

Trong bối cảnh pháp luật thuế tại Việt Nam liên tục được cập nhật và hoàn thiện, việc theo dõi và áp dụng đúng các quy định mới là thách thức không nhỏ đối với mọi doanh nghiệp và cá nhân. Một trong những thay đổi đáng chú ý nhất sắp tới là sự ra đời của Thông tư 89/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ ngày 01 tháng 7 năm 2026. Thông tư này không chỉ thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC mà còn hướng dẫn chi tiết việc thực hiện Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2019, ảnh hưởng trực tiếp đến quy trình kê khai các loại thuế quan trọng như Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) và Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN).

Theo khảo sát nội bộ của ANC Việt Nam, có tới hơn 70% doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, thường xuyên gặp khó khăn trong việc cập nhật và áp dụng kịp thời các quy định thuế mới. Điều này tiềm ẩn rủi ro rất lớn về việc nộp sai biểu mẫu, chậm nộp hồ sơ hoặc kê khai không chính xác, dẫn đến các khoản phạt hành chính không đáng có. Hậu quả không chỉ dừng lại ở việc mất tiền phạt mà còn ảnh hưởng đến uy tín của doanh nghiệp, gây tốn kém thời gian và nguồn lực để khắc phục.

Bài viết này được biên soạn nhằm cung cấp một hướng dẫn toàn diện, chi tiết về những thay đổi cốt lõi mà Thông tư 89/2026/TT-BTC mang lại, đặc biệt tập trung vào hồ sơ khai thuế GTGT và TNCN. Chúng tôi sẽ đi sâu vào các quy định chuyển tiếp, danh mục biểu mẫu mới, quy trình nộp hồ sơ điện tử và các trường hợp miễn, giảm thuế. Mục tiêu là giúp các kế toán viên, chủ doanh nghiệp và người nộp thuế tại Việt Nam có cái nhìn rõ ràng, chuẩn bị sẵn sàng để tuân thủ đúng quy định pháp luật, tránh mọi rủi ro và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế của mình.

Quy định chuyển tiếp và danh mục hồ sơ khai thuế GTGT, TNCN mới cần chuẩn bị từ 01/7/2026

Điểm mấu chốt mà mọi người nộp thuế cần nắm vững là quy định chuyển tiếp được nêu rõ tại Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Quy định này xác định rõ thời điểm áp dụng các biểu mẫu mới, giúp doanh nghiệp tránh nhầm lẫn giữa các kỳ tính thuế.

Quy định chuyển tiếp về việc áp dụng mẫu biểu khai thuế

• Đối với các hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01 tháng 7 năm 2026: Người nộp thuế tiếp tục thực hiện theo các mẫu biểu đã được áp dụng trước thời điểm Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực, tức là theo Thông tư 80/2021/TT-BTC. Điều này có nghĩa là, ví dụ, tờ khai thuế GTGT tháng 6/2026 hoặc quý 2/2026 (bao gồm tháng 4, 5, 6) vẫn sử dụng mẫu cũ.
• Đối với các hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế từ ngày 01 tháng 7 năm 2026 trở đi: Kể từ tờ khai thuế tháng 7/2026 (hoặc quý 3/2026 nếu kê khai theo quý), người nộp thuế chính thức áp dụng toàn bộ các mẫu biểu tờ khai thuế mới được ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Danh mục hồ sơ khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC đã cập nhật và bổ sung nhiều mẫu biểu mới cho hồ sơ khai thuế GTGT, phù hợp với các phương pháp tính thuế và các hoạt động kinh doanh đặc thù. Dưới đây là danh sách chi tiết các mẫu biểu quan trọng:

• 1. Hồ sơ khai thuế đối với phương pháp khấu trừ
• 1.1 Hồ sơ khai thuế đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh – Tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT)
• Phụ lục bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp đối với hoạt động sản xuất thủy điện – Mẫu 01-2/GTGT
• Phụ lục bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán – Mẫu 01-3/GTGT
• Phụ lục bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp (trừ hoạt động sản xuất thủy điện, hoạt động kinh doanh xổ số điện toán) – Mẫu 01-6/GTGT
• Bảng phân bổ số thuế GTGT đầu vào cho các đơn vị phụ thuộc – Mẫu 01-7/GTGT
• Phụ lục thông tin đề nghị hoàn thuế GTGT – Mẫu 01-8/GTGT
• Tờ khai thuế GTGT áp dụng cho hoạt động xây dựng, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh – Mẫu 05/GTGT
• 1.2 Hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế – Tờ khai thuế GTGT (mẫu 02/GTGT)
• 2. Hồ sơ khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng
• Tờ khai thuế GTGT áp dụng cho hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý – Mẫu 03/GTGT
• 3. Hồ sơ khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu
• Tờ khai thuế GTGT áp dụng cho người nộp thuế tính thuế theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu – Mẫu 04/GTGT
• 4. Thay đổi kỳ tính thuế
• Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý – Mẫu 01/ĐK-TĐKTT

Hồ sơ khai thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) theo Thông tư 89/2026

Thông tư 89/2026/TT-BTC cũng quy định chi tiết các mẫu biểu TNCN mới, áp dụng cho cả tổ chức và cá nhân.

• Đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập khai thuế TNCN theo quý (thu nhập từ tiền lương, tiền công):
  • Mẫu 05/KK-TNCN – Tờ khai thuế thu nhập cá nhân (áp dụng cho tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập từ tiền lương, tiền công)
  • Mẫu 05-1/PBT-KKTNCN – Phụ lục Bảng xác định số thuế TNCN phải nộp đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công và trúng thưởng (trường hợp khai tập trung số thuế đã khấu trừ)
• Đối với cá nhân khai thuế TNCN trực tiếp theo quý (thu nhập từ tiền lương, tiền công):
  • Mẫu 02/KK-TNCN – Tờ khai thuế TNCN (áp dụng cho cá nhân cư trú và không cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế)

Thời gian nộp hồ sơ thuế điện tử

Theo Điều 11 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thời gian nộp hồ sơ thuế điện tử và nộp thuế điện tử được quy định như sau:

• Đối với thuế GTGT, hồ sơ khai thuế điện tử phải được nộp không muộn hơn ngày 20 của tháng kế tiếp kỳ tính thuế.
• Đối với thuế TNCN, hồ sơ khai thuế điện tử phải được nộp không muộn hơn ngày 20 của tháng kế tiếp kỳ tính thuế (đối với khai thuế hàng tháng) hoặc ngày 20 của tháng thứ ba sau kỳ tính thuế (đối với khai thuế hàng quý).
• Trong trường hợp doanh nghiệp có nhu cầu thay đổi kỳ tính thuế, thời hạn nộp hồ sơ đề nghị thay đổi kỳ tính thuế là không quá 30 ngày kể từ ngày quyết định thay đổi kỳ tính thuế.

Để thực hiện đúng các quy định trên, doanh nghiệp tại Long Biên, Hà Nội nên thường xuyên kiểm tra thông báo từ Chi cục Thuế Long Biên và Cục Thuế Hà Nội, đồng thời cập nhật phần mềm kế toán để hỗ trợ việc khai thuế điện tử theo mẫu mới.

Tóm tắt

Thông tư 89/2026/TT-BTC sẽ thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC từ ngày 01/07/2026, yêu cầu doanh nghiệp chuyển sang sử dụng các mẫu biểu mới cho cả GTGT và TNCN. Việc nắm rõ quy định chuyển tiếp, danh mục biểu mẫu và thời gian nộp hồ sơ điện tử là yếu tố then chốt để tránh sai sót, giảm thiểu rủi ro và duy trì uy tín với cơ quan thuế.