Mức phạt thuế, hóa đơn, hải quan 2026: Hướng dẫn doanh nghiệp

Mức phạt thuế, hóa đơn, hải quan 2026: Hướng dẫn doanh nghiệp

Tại sao doanh nghiệp cần nắm rõ mức phạt vi phạm hóa đơn, thuế, hải quan từ 01/07/2026?

Tóm tắt: Từ 01/07/2026, các mức phạt vi phạm về hóa đơn, thuế và hải quan được nâng lên đáng kể theo Nghị định 169/2026/NĐ‑CP và Nghị định 310/2025/NĐ‑CP. Bài viết hướng dẫn doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ, quy trình kiểm tra, tính toán mức phạt và thời hiệu xử lý, đồng thời trả lời các thắc mắc thường gặp, giúp tránh rủi ro và tuân thủ pháp luật tại Việt Nam.
Thông tin quan trọng:

  • Khi mức phạt có thể lên tới 20% trên số tiền thuế chênh lệch, một sai sót dù nhỏ cũng có thể gây thiệt hại hàng chục triệu đồng
  • Chi phí, thời gian xử lý và mức phạt dự kiến cho từng loại vi phạm
    Dưới đây là bảng so sánh mức phạt cũ (theo Nghị định 128/2020) và mức phạt mới (theo Nghị định 169/2026) cho các hành vi vi phạm phổ biến:
    Loại vi phạm Mức phạt cũ (VNĐ) Mức phạt mới (VNĐ) Ghi chú Khai sai thuế (thiếu thuế) 10% – 15% trên chênh lệch (tối thiểu 500
  • 000 đồng) 10% – 20% trên chênh lệch (tối thiểu 500
  • Theo mức phạt mới, mức phạt tối thiểu cho tổ chức là 2 triệu đồng, vì 10% – 20% trên 2 triệu đồng (200
  • Nếu không khắc phục trong 30 ngày, mức phạt có thể tăng lên 20% = 400
Chi phí: 10 tỷ

Việc cập nhật kịp thời các quy định mới về xử phạt trong lĩnh vực thuế, hóa đơn và hải quan là yếu tố then chốt để tránh rủi ro tài chính và pháp lý. Khi mức phạt có thể lên tới 20% trên số tiền thuế chênh lệch, một sai sót dù nhỏ cũng có thể gây thiệt hại hàng chục triệu đồng. Đối với thuế và hóa đơn, mức phạt mới được áp dụng từ ngày 16/01/2026 theo Nghị định 310/2025/NĐ‑CP, trong khi các quy định hải quan có hiệu lực từ 01/07/2026 theo Nghị định 169/2026/NĐ‑CP.

Infographic: Mức phạt thuế, hóa đơn, hải quan 2026: Hướng dẫn doanh nghiệp
Infographic — Mức phạt thuế, hóa đơn, hải quan 2026: Hướng dẫn doanh nghiệp
💡 Lưu ý: Các mức phạt mới áp dụng đồng thời với Luật Thuế TNCN 2025, do Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế ban hành, vì vậy mọi doanh nghiệp phải đồng bộ hoá quy trình kế toán và khai thuế.

Các điều kiện và hồ sơ cần chuẩn bị để tuân thủ quy định mới

Để đáp ứng Nghị định 169/2026/NĐ‑CP (hải quan) và Nghị định 310/2025/NĐ‑CP (thuế, hóa đơn), doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các tài liệu sau:

  • Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (bản sao công chứng).
  • Báo cáo tài chính năm trước (đã kiểm toán).
  • Hồ sơ khai thuế GTGT, TNDN, TNCN (bản sao và bản gốc).
  • Hóa đơn bán hàng (các mẫu hóa đơn điện tử và giấy).
  • Biên bản kiểm kê hàng hoá, chứng từ hải quan (tờ khai hải thuế, tờ khai xuất nhập khẩu).
  • Hệ thống phần mềm kế toán, phần mềm khai thuế điện tử (có chứng nhận bảo mật).
  • Biên bản nội bộ về quy trình kiểm soát nội bộ (SOP) liên quan đến việc lập, lưu trữ và sử dụng hóa đơn.

Đối với các doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu, cần bổ sung:

  • Giấy phép xuất nhập khẩu (nếu có).
  • Hợp đồng thương mại quốc tế.
  • Chứng từ chứng nhận xuất xứ (CO).
⏰ Hạn nộp: Tất cả hồ sơ khai báo, điều chỉnh và nộp phạt phải được hoàn thành trong vòng 30 ngày kể từ ngày phát hiện vi phạm, nếu không sẽ bị áp dụng mức phạt tối đa.

Quy trình thực hiện kiểm tra và điều chỉnh kê khai theo Nghị định 169/2026 và Nghị định 310/2025

  1. Đánh giá nội bộ (1‑2 ngày): Kiểm tra lại toàn bộ sổ sách kế toán, hệ thống ERP và phần mềm khai thuế để xác định các chỉ tiêu có khả năng sai lệch (HS code, số lượng hóa đơn, thời gian lập).
  2. Thu thập chứng từ (3‑5 ngày): Tập hợp các tờ khai hải thuế, báo cáo thuế GTGT, TNDN, TNCN, và các chứng từ liên quan đến hàng hoá (phiếu xuất kho, chứng từ vận chuyển).
  3. So sánh với quy định mới (2‑3 ngày): Áp dụng bảng so sánh (xem bảng dưới) để xác định mức phạt hiện hành cho từng loại vi phạm.
  4. Điều chỉnh khai báo (1‑2 ngày): Sửa đổi các mục khai báo sai trên hệ thống khai thuế điện tử và hệ thống hải quan, nộp bản sửa đổi kèm theo tờ khai bổ sung.
  5. Nộp phạt và khai báo bổ sung (trong vòng 30 ngày): Thanh toán tiền phạt qua ngân hàng hoặc tài khoản thuế, đồng thời nộp báo cáo bổ sung cho cơ quan thuế địa phương và cơ quan hải quan.
  6. Kiểm tra lại (7‑10 ngày): Sau khi nộp, yêu cầu cơ quan thuế xác nhận việc đã hoàn thành nghĩa vụ, lưu trữ biên bản xác nhận để làm bằng chứng.

Thời gian ước tính trên dựa trên quy mô doanh nghiệp trung bình (doanh thu 5‑10 tỷ đồng). Đối với doanh nghiệp lớn hơn, thời gian có thể kéo dài tới 3‑4 tuần.

Chi phí, thời gian xử lý và mức phạt dự kiến cho từng loại vi phạm

Dưới đây là bảng so sánh mức phạt cũ (theo Nghị định 128/2020) và mức phạt mới (theo Nghị định 169/2026) cho các hành vi vi phạm phổ biến:

Loại vi phạmMức phạt cũ (VNĐ)Mức phạt mới (VNĐ)Ghi chú
Khai sai thuế (thiếu thuế)10% – 15% trên chênh lệch (tối thiểu 500.000 đồng)10% – 20% trên chênh lệch (tối thiểu 500.000 đồng cá nhân, 2.000.000 đồng tổ chức)Áp dụng cho cá nhân và tổ chức.
Cho, bán hóa đơn chưa qua sử dụng20 – 30 triệu đồng20 – 50 triệu đồngPhạt tăng lên tới 50 triệu đồng nếu số lượng >100 hóa đơn.
Không lập hóa đơn khi bán hàng (≥50 hóa đơn)40 – 60 triệu đồng60 – 80 triệu đồngPhạt lũy tiến theo số lượng.
Đóng ghép hàng quá cảnh với hàng xuất khẩu sai quy địnhKhông có quy định cụ thể10 – 20 triệu đồngÁp dụng cho doanh nghiệp xuất nhập khẩu.
Tự ý chuyển tải, sang mạn hàng hoá chưa được cơ quan hải quan đồng ýKhông có quy định cụ thể10 – 20 triệu đồngPhạt đồng thời với vi phạm khai sai HS code.

Ví dụ tính toán: Công ty A có doanh thu 10 tỷ đồng/năm. Khi kiểm tra, phát hiện chênh lệch thuế GTGT 2 triệu đồng do khai sai HS code. Theo mức phạt mới, mức phạt tối thiểu cho tổ chức là 2 triệu đồng, vì 10% – 20% trên 2 triệu đồng (200.000 – 400.000 đồng) thấp hơn mức tối thiểu. Do đó, công ty sẽ bị phạt 2 triệu đồng. Nếu không khắc phục trong 30 ngày, mức phạt có thể tăng lên 20% = 400.000 đồng, nhưng vẫn không được giảm dưới mức tối thiểu 2 triệu đồng.

⚠️ Mức phạt: 10% – 20% trên số tiền thuế chênh lệch, tối thiểu 500.000 đồng (cá nhân) hoặc 2.000.000 đồng (tổ chức). Áp dụng cho các vi phạm khai sai thuế, trốn thuế và các hành vi gian lận trên hệ thống điện tử.

Câu hỏi thường gặp về mức phạt và thời hiệu xử phạt

Doanh nghiệp có thể giảm mức phạt nếu tự khai báo sai trước khi cơ quan thuế kiểm tra không?

Theo Nghị định 310/2025/NĐ‑CP, khi người nộp thuế tự nguyện khai báo sai và sửa chữa trong thời hạn quy định, cơ quan thuế có thể xem xét giảm mức phạt, tuy nhiên mức giảm không được thấp hơn mức tối thiểu đã quy định (500.000 đồng cho cá nhân, 2.000.000 đồng cho tổ chức). Ngoài ra, nếu cùng ngày có nhiều vi phạm, chỉ áp dụng mức phạt cao nhất trong số các vi phạm đó, theo quy định của Nghị định 125/2020 được sửa đổi.

Đối với vi phạm trên môi trường điện tử (ví dụ: can thiệp, gian lận trên hệ thống hải quan điện tử), Nghị định 169/2026/NĐ‑CP quy định mức phạt từ 10 triệu đồng đến 20 triệu đồng, tùy thuộc vào mức độ vi phạm.

Đội ngũ ANC Việt Nam
Chuyên viên Kế toán Thuế

Chứng chỉ hành nghề Kế toán
Chứng chỉ Đại lý Thuế

Với 10 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực thuế và kế toán, tôi đã tư vấn cho hàng nghìn doanh nghiệp về các vấn đề thuế, kế toán và tuân thủ pháp luật

LinkedIn



Để lại một bình luận