Thông tư 94/2026/TT-BTC: 3 Điểm mới về quản lý rủi ro thuế 2026

Ban biên tập ANC · Đăng ngày 22/10/2026

Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) được ban hành nhằm thay thế và điều chỉnh nhiều nội dung quan trọng của Thông tư 31/2021/TT-BTC (Nguồn: Bộ Tài chính, Thông tư 31/2021/TT-BTC) trong cơ chế quản lý rủi ro thuế. Nhằm hỗ trợ doanh nghiệp tại khu vực quận Long Biên, TP. Hà Nội và trên cả nước chủ động nắm bắt quy định mới, ANC Việt Nam tổng hợp phân tích chi tiết các điểm mới trọng yếu về đánh giá tuân thủ và hoàn thuế.

Thông tư 94/2026/TT-BTC mang đến những thay đổi lớn trong công tác quản lý rủi ro thuế tại Việt Nam.

Bức tranh tổng quan về những thay đổi trong Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx)

Bộ Tài chính đã chính thức ban hành Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) điều chỉnh quy định về quản lý rủi ro trong quản lý thuế, thay thế các quy định trước đây tại Thông tư 31/2021/TT-BTC. Sự thay đổi này hướng tới mục tiêu xây dựng hệ thống quản lý tuân thủ hiện đại, dựa trên cơ sở dữ liệu tích hợp sâu rộng và phân loại mức độ rủi ro chính xác.

Đối với cộng đồng doanh nghiệp tại địa bàn Hà Nội, bao gồm các đơn vị chịu sự quản lý của Đội Thuế Long Biên — Thuế cơ sở Long Biên (thuộc Thuế TP Hà Nội), việc nắm rõ các tiêu chí chấm điểm và quy trình kiểm tra rủi ro sẽ giúp giảm thiểu rắc rối pháp lý, tiết kiệm thời gian giải trình cũng như đảm bảo tiến độ hoàn thuế GTGT.

Bổ sung nguồn dữ liệu đầu vào phục vụ đánh giá tuân thủ thuế

Theo quy định tại Điều 6 Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx), nguồn dữ liệu đầu vào phục vụ quản lý tuân thủ và đánh giá rủi ro đã được mở rộng đáng kể so với trước đây. Hệ thống quản lý của cơ quan thuế hiện không chỉ dừng lại ở các thông tin cơ bản do người nộp thuế tự kê khai mà còn tích hợp nhiều nguồn dữ liệu liên thông từ các cơ quan chức năng khác.

Cụ thể, bên cạnh các thông tin về đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế, ngành nghề kinh doanh, tình hình nộp thuế, nợ thuế và ưu đãi miễn giảm thuế theo quy định cũ tại Điều 7 Thông tư 31/2021/TT-BTC, quy định mới đã bổ sung hai nhóm thông tin quan trọng:

• Thông tin về quan hệ góp vốn và quan hệ liên kết: Giúp cơ quan thuế nhận diện chính xác các giao dịch liên kết, chống chuyển giá và trốn thuế.
• Thông tin về kết quả kiểm toán, điều tra và xử lý sau kiểm toán, điều tra: Dữ liệu từ cơ quan kiểm toán, công an và thanh tra được cập nhật trực tiếp vào hệ thống chấm điểm rủi ro.

Điều chỉnh quy định quản lý rủi ro trong đăng ký thuế và mã số thuế

Tại Khoản 1 Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx), người nộp thuế được phân loại theo ba mức độ rủi ro rõ ràng: rủi ro cao, rủi ro trung bình và rủi ro thấp. Việc phân loại này quyết định phương thức xử lý hành chính tương ứng trong từng nghiệp vụ thuế.

Đối với trường hợp thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, Khoản 1 Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) đã thu hẹp đầu mối kiểm tra đối với doanh nghiệp thuộc nhóm rủi ro cao. Thay vì cả cơ quan thuế nơi chuyển đi và cơ quan thuế nơi chuyển đến cùng phối hợp thanh tra, kiểm tra tại trụ sở như quy định cũ tại Thông tư 31/2021/TT-BTC, quy định mới chỉ giao duy nhất cơ quan thuế nơi chuyển đi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Về nghiệp vụ khôi phục mã số thuế, Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) bổ sung cơ chế quản lý rủi ro riêng biệt. Nhóm người nộp thuế rủi ro cao bắt buộc phải trải qua bước rà soát, kiểm tra trước khi được khôi phục mã số thuế. Trong khi đó, nhóm rủi ro trung bình và thấp sẽ được xử lý khôi phục theo quy định chung.

Đối với việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế, Khoản 3 Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) quy định doanh nghiệp rủi ro cao sẽ bị kiểm tra thuế tại trụ sở. Nhóm rủi ro trung bình và thấp sẽ áp dụng các biện pháp đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi giải thể, phá sản hoặc ngừng hoạt động. Quy định này thay thế cho việc ưu tiên thanh kiểm tra theo thứ tự xếp hạng rủi ro từ cao xuống thấp như trước đây.

Quy định mới về quản lý rủi ro trong hoàn thuế giá trị gia tăng và các khoản thu khác

Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) phân loại chi tiết quy trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT và các khoản thu khác dựa trên mức độ rủi ro. Về nguyên tắc chung, hồ sơ thuộc nhóm rủi ro cao vẫn áp dụng hình thức “kiểm tra trước, hoàn thuế sau”. Tuy nhiên, Thông tư 94 đã bổ sung các trường hợp ngoại lệ quan trọng cho hoàn thuế GTGT.

Cụ thể, hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc nhóm rủi ro cao sẽ KHÔNG bị áp dụng “kiểm tra trước, hoàn thuế sau” nếu thuộc một trong hai trường hợp sau:

• Được phân loại rủi ro cao bởi cùng một hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó.
• Thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc nhóm rủi ro trung bình và rủi ro thấp, cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối đối với phần tiền chưa phát hiện rủi ro. Riêng đối với phần tiền thuế đề nghị hoàn có dấu hiệu rủi ro, cơ quan thuế sẽ tạm dừng hoàn thuế để thu thập thông tin, rà soát và kiểm tra.

Đối với hồ sơ hoàn thuế khác và các khoản thu khác, nhóm rủi ro cao áp dụng kiểm tra trước hoàn thuế sau; nhóm rủi ro trung bình và rủi ro thấp thực hiện hoàn thuế trước kiểm tra sau theo đúng quy định.

So sánh quy định quản lý rủi ro giữa Thông tư 31/2021/TT-BTC và Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx)

Để giúp doanh nghiệp dễ dàng đối chiếu, ANC Việt Nam tổng hợp bảng so sánh những điểm cải tiến cốt lõi giữa hai văn bản quy phạm pháp luật dưới đây:

Tóm tắt và khuyến nghị cho doanh nghiệp khi áp dụng Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx)

Thông tư 94/2026/TT-BTC (Nguồn: https://m.thuvienphapluat.vn/van-ban/Thue-Phi-Le-Phi/Thong-tu-94-2026-TT-BTC-quan-ly-tuan-thu-quan-ly-rui-ro-trong-quan-ly-thue-713729.aspx) đánh dấu bước tiến trong công tác quản lý thuế hiện đại, vừa siết chặt giám sát rủi ro bằng cơ sở dữ liệu liên thông, vừa tinh giản thủ tục kiểm tra chồng chéo cho người nộp thuế khi thay đổi địa điểm kinh doanh.

Doanh nghiệp tại Hà Nội nói chung và quận Long Biên nói riêng cần chủ động rà soát giao dịch liên kết, tình hình góp vốn cũng như tuân thủ nghĩa vụ thuế kỳ trước để hạn chế bị xếp vào nhóm rủi ro cao. ANC Việt Nam luôn sẵn sàng tư vấn và hỗ trợ doanh nghiệp tối ưu hóa quy trình kế toán, đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật thuế hiện hành.