Hoàn Thuế GTGT 2026: 6 Thay Đổi Trọng Yếu Từ Công Văn 6936 Của Cục Thuế

Hoàn Thuế GTGT 2026: 6 Thay Đổi Trọng Yếu Từ Công Văn 6936 Của Cục Thuế

Từ ngày 18/9/2026, Cục Thuế đã ban hành một văn bản pháp lý quan trọng, mang đến những thay đổi đáng kể trong quy trình giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho hàng triệu doanh nghiệp tại Hà Nội và trên cả nước. Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026 không chỉ làm rõ nhiều vướng mắc tồn đọng mà còn định hình lại cách thức cơ quan thuế và doanh nghiệp tương tác trong các hồ sơ hoàn thuế. Vậy, những nội dung thống nhất này là gì, và doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì để đảm bảo quyền lợi của mình?

Bài viết này của ANC Việt Nam sẽ đi sâu phân tích 06 nội dung cốt lõi của Công văn 6936/CT-QLTT, cùng với các quy định pháp luật liên quan, giúp doanh nghiệp Việt Nam nắm bắt kịp thời và áp dụng hiệu quả vào thực tiễn hoạt động kinh doanh của mình.

Công Văn 6936/CT-QLTT (2026): Chi Tiết 6 Nội Dung Thống Nhất Về Hoàn Thuế GTGT

Ngày 18/9/2026, Cục Thuế đã chính thức ban hành Công văn 6936/CT-QLTT, thống nhất 06 nội dung quan trọng trong việc giải quyết hoàn thuế GTGT. Đây là những hướng dẫn chi tiết, nhằm tạo sự minh bạch và công bằng hơn trong quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế tại Việt Nam. Dưới đây là phân tích cụ thể từng nội dung:

1. Cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận không được hoàn thuế

Một trong những điểm nhấn quan trọng nhất của Công văn 6936 là việc làm rõ vai trò của các thông tin cảnh báo rủi ro. Theo đó, thông tin hoặc cảnh báo về rủi ro liên quan đến người bán, hóa đơn, hoặc bất kỳ chủ thể nào trong chuỗi cung ứng chỉ mang tính chất phục vụ công tác quản lý rủi ro, rà soát và xác minh của cơ quan thuế. Việc có cảnh báo rủi ro không tự động dẫn đến kết luận rằng giao dịch của doanh nghiệp mua hàng là không có thật, hóa đơn không hợp pháp, hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện được hoàn thuế.

Việc xác định hồ sơ hoàn thuế hoặc phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro sẽ được thực hiện dựa trên Hệ thống thông tin quản lý thuế, theo các tiêu chí quản lý rủi ro và quy định cụ thể tại Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, cùng với Điều 48 và Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Điều này nhấn mạnh rằng cơ quan thuế cần có bằng chứng cụ thể, chứ không chỉ dựa vào cảnh báo rủi ro chung chung để từ chối hoàn thuế.

2. Xử lý trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro

Công văn 6936 cũng đưa ra hướng dẫn rõ ràng cho các trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế có một phần số tiền bị đánh giá là có rủi ro:

• Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước: Nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, cơ quan thuế sẽ thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn. Phần số tiền còn lại, nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện, vẫn sẽ được tiếp tục xử lý theo trình tự của hồ sơ hoàn thuế trước. Điều này có nghĩa là việc một phần số tiền có rủi ro sẽ không làm toàn bộ hồ sơ bị dừng xử lý, giúp doanh nghiệp sớm nhận được phần thuế được hoàn không có rủi ro.
• Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế: Cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra toàn bộ hồ sơ để xác định số tiền đủ điều kiện được hoàn, không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện được hoàn dựa trên kết quả kiểm tra, rà soát.

3. Xử lý trường hợp người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu rủi ro

Một vấn đề thường gây lo ngại cho doanh nghiệp là khi người bán, nhà cung cấp cấp hai, hoặc các chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro (ví dụ: về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, giải thể, hoặc chấm dứt hoạt động). Công văn 6936 khẳng định rằng những thông tin này chỉ là căn cứ để cơ quan thuế đánh giá rủi ro và tiến hành xác minh khi cần thiết, chứ không phải là căn cứ để kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế hoặc phải hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn.

Cơ quan thuế sẽ xem xét dựa trên hồ sơ, hóa đơn, chứng từ, tính hợp pháp, tính có thật của giao dịch, và việc doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện hoàn thuế áp dụng tại kỳ hoàn thuế, thời điểm phát sinh giao dịch. Chỉ khi qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không có thật, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi gian lận, thông đồng, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, thì mới xử lý theo quy định pháp luật.

4. Bãi bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT” từ 01/01/2026

Đây là một trong những thay đổi mang tính đột phá và được mong chờ nhất. Khoản 3 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 đã chính thức bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, loại bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”. Quy định này có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo đó, đối với các kỳ hoàn thuế thuộc phạm vi áp dụng của quy định mới (tức là từ 01/01/2026 trở đi), việc người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất sẽ không còn là điều kiện để xác định quyền hoàn thuế của doanh nghiệp mua hàng. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác về hoàn thuế, hóa đơn, chứng từ và tính có thật của giao dịch theo quy định. Đối với các kỳ hoàn trước ngày 01/01/2026, các quy định pháp luật có hiệu lực tại kỳ hoàn tương ứng vẫn được áp dụng.

5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị và lưu giữ đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch

Để đảm bảo quyền lợi và quy trình hoàn thuế diễn ra thuận lợi, Công văn 6936 nhấn mạnh trách nhiệm của doanh nghiệp trong việc chuẩn bị và lưu giữ đầy đủ các hồ sơ, tài liệu liên quan đến giao dịch. Cụ thể, doanh nghiệp cần:

• Kê khai trung thực và đầy đủ: Đảm bảo mọi thông tin kê khai thuế là chính xác và hoàn chỉnh.
• Chủ động kiểm tra, rà soát thông tin: Doanh nghiệp cần tự mình kiểm tra thông tin của người bán và các dữ liệu liên quan đến giao dịch để xác minh tính có thật của hoạt động mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, đồng thời đảm bảo hóa đơn được lập và sử dụng đúng quy định pháp luật.
• Lưu giữ hồ sơ, tài liệu chứng minh: Doanh nghiệp phải bảo quản cẩn thận các giấy tờ chứng minh tính hợp pháp và có thật của giao dịch, cũng như các điều kiện hoàn thuế. Các tài liệu này bao gồm nhưng không giới hạn ở hợp đồng mua bán, hóa đơn, chứng từ thanh toán, chứng từ giao nhận hàng hóa, vận chuyển, kho bãi, hồ sơ xuất nhập khẩu, và các chứng từ hải quan.

6. Xử lý trường hợp doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhưng không đủ điều kiện hoàn thuế

Công văn 6936/CT-QLTT cũng đề cập đến việc xử lý các trường hợp doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào phát sinh từ việc mua hàng hóa, dịch vụ để phục vụ sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhưng lại không đáp ứng đủ các điều kiện để được hoàn thuế. Mặc dù nội dung chi tiết về cách thức xử lý cụ thể cho trường hợp này không được cung cấp trong nguồn tài liệu tham khảo, nhưng việc Cục Thuế đưa ra nội dung này cho thấy sự quan tâm đến các tình huống phức tạp trong hoàn thuế xuất khẩu, đòi hỏi doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến việc tuân thủ các điều kiện hoàn thuế liên quan đến hoạt động xuất khẩu.

Những nội dung thống nhất tại Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026 là bước tiến quan trọng nhằm minh bạch hóa và tạo điều kiện thuận lợi hơn cho doanh nghiệp trong quá trình hoàn thuế GTGT. Đặc biệt, việc bãi bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT” từ 01/01/2026 sẽ giảm bớt gánh nặng tuân thủ cho bên mua, thúc đẩy hoạt động kinh doanh. Các doanh nghiệp tại Long Biên nói riêng và Hà Nội nói chung cần chủ động nghiên cứu, cập nhật và áp dụng đúng các quy định mới này để đảm bảo quyền lợi hợp pháp của mình, đồng thời tránh những rủi ro không đáng có trong các giao dịch thuế.

ANC Việt Nam luôn sẵn sàng đồng hành cùng quý doanh nghiệp trong việc tư vấn và hỗ trợ các vấn đề về thuế, kế toán, giúp doanh nghiệp vững vàng tuân thủ pháp luật và phát triển bền vững.