Hướng dẫn tạm dừng kiểm tra thuế, ấn định thuế XNK 2026: 3 quy định doanh nghiệp cần biết

Tại sao doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần nắm rõ quy định tạm dừng kiểm tra thuế và ấn định thuế năm 2026?

Việc hiểu rõ và tuân thủ các quy định pháp luật về tạm dừng kiểm tra thuế và ấn định thuế là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp hoạt động hiệu quả, tránh rủi ro pháp lý và tối ưu hóa dòng tiền. Đặc biệt, với sự ra đời của Thông tư 86/2026/TT-BTC và Luật Quản lý thuế 2025, các quy định này càng trở nên cụ thể và chặt chẽ hơn, đòi hỏi các chủ doanh nghiệp, kế toán viên và chuyên viên xuất nhập khẩu tại Việt Nam phải cập nhật liên tục.

Các quy định mới này không chỉ ảnh hưởng đến quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế mà còn tác động trực tiếp đến việc ấn định số thuế phải nộp đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Nếu không nắm vững, doanh nghiệp có thể gặp phải những hậu quả nghiêm trọng như:

• Bị ấn định thuế với số tiền cao hơn dự kiến, gây ảnh hưởng đến kế hoạch tài chính.
• Chậm trễ trong quá trình hoàn thuế, làm gián đoạn dòng tiền kinh doanh.
• Phát sinh các khoản phạt hành chính do vi phạm quy định về thuế và hải quan.
• Tốn kém thời gian và nguồn lực để giải trình, xử lý các vấn đề phát sinh với cơ quan thuế, hải quan.

Bài viết này của ANC Việt Nam sẽ cung cấp một hướng dẫn chi tiết về các trường hợp được tạm dừng kiểm tra thuế và các tình huống bị ấn định thuế theo các văn bản pháp luật mới nhất, giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong công tác quản lý thuế hải quan năm 2026. Các doanh nghiệp tại Long Biên, Hà Nội nói riêng và cả nước nói chung cần đặc biệt lưu ý để đảm bảo tuân thủ.

Điều kiện và hồ sơ cần chuẩn bị để tạm dừng kiểm tra thuế tại trụ sở theo Thông tư 86/2026

Theo Khoản 6 Điều 39 Thông tư 86/2026/TT-BTC, việc tạm dừng kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được quy định rõ ràng, chia thành hai giai đoạn chính: trước khi công bố Quyết định kiểm tra và trong quá trình kiểm tra.

1. Tạm dừng kiểm tra trước khi công bố Quyết định kiểm tra

Trong giai đoạn này, cơ quan hải quan sẽ thông báo cho người nộp thuế về việc tạm dừng kiểm tra theo Mẫu số 52 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC khi xảy ra một trong các trường hợp sau:

• Người nộp thuế có lý do bất khả kháng: Doanh nghiệp không thể thực hiện kiểm tra vì các sự kiện khách quan không thể lường trước và khắc phục được (như thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh, chiến tranh). Hoặc doanh nghiệp đang chịu sự kiểm tra, thanh tra, điều tra của các cơ quan nhà nước khác như cơ quan hải quan, cơ quan thuế, cơ quan thanh tra, Kiểm toán nhà nước, cơ quan công an. Trong trường hợp này, người nộp thuế cần có văn bản đề nghị tạm dừng kiểm tra gửi Đoàn kiểm tra.
• Cơ quan hải quan có lý do bất khả kháng: Cơ quan hải quan gặp phải các sự kiện bất khả kháng hoặc có căn cứ khách quan khác làm ảnh hưởng đến việc thực hiện kiểm tra theo đúng kế hoạch.

2. Tạm dừng kiểm tra trong quá trình kiểm tra

Khi quá trình kiểm tra đã bắt đầu, việc tạm dừng có thể được thực hiện trong các trường hợp sau:

• Cần xác minh tại cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan: Đoàn kiểm tra cần thêm thời gian để thu thập thông tin, tài liệu từ các bên thứ ba để làm rõ các vấn đề liên quan đến nghĩa vụ thuế.
• Có sự kiện bất khả kháng: Các sự kiện bất khả kháng xảy ra làm ảnh hưởng trực tiếp đến thời gian và khả năng tiến hành kiểm tra của Đoàn kiểm tra hoặc người nộp thuế.
• Cần chuyển hồ sơ vụ việc: Trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng, cần chuyển hồ sơ vụ việc sang cơ quan thanh tra, cơ quan điều tra hoặc cơ quan có thẩm quyền khác theo quy định của pháp luật để xử lý.
• Người nộp thuế đề nghị tạm dừng: Doanh nghiệp cần thời gian để xử lý, khắc phục sự cố phát sinh bởi sự kiện bất khả kháng hoặc lý do khách quan khác làm ảnh hưởng đến việc thực hiện kiểm tra. Văn bản đề nghị tạm dừng kiểm tra của người nộp thuế phải nêu rõ lý do tạm dừng và thời gian tạm dừng cụ thể.

Trong các trường hợp cần xác minh, có sự kiện bất khả kháng ảnh hưởng đến thời gian kiểm tra, hoặc cần chuyển hồ sơ vụ việc (điểm b.1.1 đến b.1.3 khoản 6 Điều 39 Thông tư 86/2026/TT-BTC), cơ quan hải quan sẽ thông báo tạm dừng kiểm tra cho người nộp thuế theo Mẫu số 52 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC. Đối với trường hợp người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra, cơ quan hải quan sẽ xem xét và thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận đề nghị, đồng thời nêu rõ lý do nếu không chấp nhận. Đoàn kiểm tra sẽ tiếp tục công việc khi lý do tạm dừng không còn hoặc hết thời hạn tạm dừng kiểm tra.

Hồ sơ và văn bản liên quan đến việc tạm dừng kiểm tra

Để thực hiện việc tạm dừng kiểm tra thuế, các văn bản và hồ sơ sau đây cần được chuẩn bị và xử lý:

• Văn bản đề nghị tạm dừng kiểm tra: Do người nộp thuế lập và gửi đến Đoàn kiểm tra khi có lý do bất khả kháng hoặc lý do khách quan khác. Văn bản này cần nêu rõ lý do và thời gian tạm dừng dự kiến.
• Thông báo tạm dừng kiểm tra (Mẫu số 52 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC): Do cơ quan hải quan ban hành để thông báo cho người nộp thuế về việc tạm dừng kiểm tra, áp dụng cho cả giai đoạn trước khi công bố quyết định và trong quá trình kiểm tra (trừ trường hợp người nộp thuế đề nghị).
• Các tài liệu chứng minh: Người nộp thuế cần cung cấp các tài liệu chứng minh lý do bất khả kháng (ví dụ: xác nhận của chính quyền địa phương về thiên tai, giấy tờ y tế) hoặc các văn bản xác nhận đang bị kiểm tra, thanh tra, điều tra bởi cơ quan nhà nước khác (nếu lý do tạm dừng là do trùng lặp kiểm tra).

Quy trình xử lý đề nghị tạm dừng kiểm tra thuế và các trường hợp ấn định thuế hải quan 2026

Việc tạm dừng kiểm tra thuế và ấn định thuế là hai khía cạnh quan trọng trong quản lý thuế hải quan. Dưới đây là quy trình cụ thể và các trường hợp ấn định thuế mà doanh nghiệp cần lưu ý.

1. Quy trình xử lý đề nghị tạm dừng kiểm tra thuế

Quy trình tạm dừng kiểm tra thuế được thực hiện theo các bước và nguyên tắc sau:

1. Phát sinh lý do tạm dừng: Lý do tạm dừng có thể xuất phát từ phía người nộp thuế (do bất khả kháng, trùng lặp kiểm tra, hoặc lý do khách quan khác) hoặc từ phía cơ quan hải quan (do bất khả kháng hoặc căn cứ khách quan).
2. Thông báo tạm dừng từ cơ quan hải quan: Trong các trường hợp tạm dừng trước khi công bố quyết định kiểm tra, hoặc trong quá trình kiểm tra do cần xác minh, sự kiện bất khả kháng của đoàn kiểm tra, hoặc chuyển hồ sơ vụ việc, cơ quan hải quan sẽ chủ động thông báo tạm dừng kiểm tra cho người nộp thuế theo Mẫu số 52 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC.
3. Xử lý đề nghị tạm dừng của người nộp thuế: Nếu người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra, cơ quan hải quan sẽ xem xét văn bản đề nghị, các tài liệu chứng minh và thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận đề nghị. Trường hợp không chấp nhận, cơ quan hải quan phải nêu rõ lý do.
4. Tiếp tục kiểm tra: Đoàn kiểm tra sẽ tiếp tục công việc khi lý do tạm dừng không còn tồn tại hoặc khi hết thời hạn tạm dừng kiểm tra đã được thông báo hoặc chấp thuận.

2. Các trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bị ấn định thuế năm 2026

Căn cứ Điều 25 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan hải quan sẽ thực hiện ấn định thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp sau đây:

• Người nộp thuế sử dụng các chứng từ, tài liệu, dữ liệu không hợp pháp để khai thuế, tính thuế; không khai thuế hoặc kê khai không chính xác, không đầy đủ, không trung thực các nội dung liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế.
• Quá thời hạn theo quy định của pháp luật về hải quan hoặc các quy định pháp luật khác có liên quan, hoặc theo yêu cầu bằng văn bản của cơ quan hải quan, mà người nộp thuế không cung cấp, từ chối cung cấp, hoặc trì hoãn, kéo dài việc cung cấp hồ sơ, sổ kế toán, tài liệu, chứng từ, dữ liệu, số liệu cần thiết để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp, miễn, giảm, hoàn, không thu, không chịu thuế theo quy định.
• Người nộp thuế không chứng minh, giải trình được, hoặc quá thời hạn quy định mà không giải trình được các nội dung liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật.
• Người nộp thuế không ghi nhận hoặc ghi nhận không đầy đủ, không trung thực, không chính xác số liệu trên sổ kế toán, hồ sơ, chứng từ, dữ liệu, tài liệu kế toán để xác định nghĩa vụ thuế.
• Cơ quan hải quan có đủ bằng chứng và căn cứ xác định về việc khai báo trị giá, mã số, xuất xứ hàng hóa không đúng với thực tế, làm ảnh hưởng đến số thuế phải nộp hoặc các ưu đãi về thuế.
• Giao dịch được thực hiện không đúng với bản chất kinh tế, không đúng thực tế phát sinh, làm ảnh hưởng đến số tiền thuế phải nộp, miễn, giảm, hoàn, không thu, không chịu thuế.
• Người nộp thuế không tự tính được số tiền thuế phải nộp.
• Người nộp thuế không chấp hành quyết định kiểm tra của cơ quan hải quan.

Việc nắm rõ các trường hợp này giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc tuân thủ quy định, tránh bị ấn định thuế với số tiền không mong muốn, đặc biệt là khi hoạt động tại các khu vực có hoạt động xuất nhập khẩu sôi động như Hà Nội.

Kết luận

Việc cập nhật và tuân thủ các quy định về tạm dừng kiểm tra thuế và ấn định thuế theo Thông tư 86/2026/TT-BTC và Luật Quản lý thuế 2025 là vô cùng quan trọng đối với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Bằng cách hiểu rõ các điều kiện, quy trình và các trường hợp cụ thể, doanh nghiệp có thể chủ động quản lý rủi ro, tối ưu hóa hoạt động và đảm bảo tuân thủ pháp luật. ANC Việt Nam luôn sẵn sàng hỗ trợ quý doanh nghiệp trong việc giải đáp các thắc mắc và thực hiện các thủ tục liên quan đến thuế hải quan, giúp hoạt động kinh doanh của bạn tại Long Biên và các khu vực lân cận luôn suôn sẻ và hiệu quả.