Công văn 6687: Hướng dẫn chi tiết kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản theo quy định mới nhất 2026

Hơn 40% doanh nghiệp gặp vướng mắc: Tại sao việc kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản lại quan trọng?

Trong bối cảnh thị trường bất động sản tại Việt Nam có nhiều biến động, việc hủy bỏ hoặc chấm dứt các hợp đồng mua bán bất động sản không phải là hiếm. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp, đặc biệt là các chủ đầu tư và đơn vị kinh doanh bất động sản, thường xuyên gặp phải những vướng mắc phức tạp trong việc xử lý các nghĩa vụ thuế liên quan, đặc biệt là thuế Giá trị gia tăng (GTGT). Theo một khảo sát nội bộ, hơn 40% doanh nghiệp thừa nhận gặp khó khăn hoặc không chắc chắn về quy trình kê khai bổ sung thuế GTGT khi giao dịch bất động sản bị trả lại, dẫn đến nguy cơ bị phạt hành chính và truy thu thuế.

Việc kê khai sai sót hoặc không đúng thời hạn khi có sự thay đổi về giao dịch bất động sản có thể gây ra những hậu quả nghiêm trọng. Đối với doanh nghiệp, điều này không chỉ ảnh hưởng đến dòng tiền, mà còn tiềm ẩn rủi ro về uy tín và tuân thủ pháp luật. Các cơ quan thuế địa phương, dưới sự chỉ đạo của Tổng cục Thuế và Bộ Tài chính, ngày càng tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, và việc phát hiện sai phạm có thể dẫn đến các mức phạt hành chính đáng kể, cùng với việc tính tiền chậm nộp.

Bài viết này sẽ cung cấp một hướng dẫn chi tiết, dựa trên Công văn 6687/CT-QLNT năm 2026 của Cục Thuế và các quy định pháp luật hiện hành tại Việt Nam, giúp doanh nghiệp hiểu rõ điều kiện, hồ sơ, quy trình và các lưu ý quan trọng khi kê khai bổ sung thuế GTGT trong trường hợp trả lại bất động sản. Mục tiêu là giúp các kế toán viên và chủ doanh nghiệp Việt Nam tự tin thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, tránh những rủi ro không đáng có.

Xác định điều kiện và chuẩn bị hồ sơ cần thiết để kê khai bổ sung thuế GTGT

Trước khi tiến hành kê khai bổ sung thuế GTGT, việc xác định rõ điều kiện và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ là bước cực kỳ quan trọng. Điều này giúp doanh nghiệp có cơ sở pháp lý vững chắc và đảm bảo quy trình diễn ra thuận lợi, đúng quy định của pháp luật Việt Nam.

1. Xác định căn cứ pháp lý của việc chấm dứt/hủy bỏ hợp đồng

Theo Công văn 6687/CT-QLNT năm 2026, việc xử lý thuế GTGT phụ thuộc vào việc xác định nguyên nhân chấm dứt hợp đồng:

• Trường hợp hủy bỏ hợp đồng: Nếu việc chấm dứt hợp đồng mua bán bất động sản được xác định là hủy bỏ hợp đồng theo quy định của Bộ luật Dân sự 2015 (Điều 422 và Điều 427), tức là hợp đồng không có hiệu lực từ thời điểm giao kết. Các bên phải hoàn trả cho nhau những gì đã nhận.
• Trường hợp chấm dứt hợp đồng do thỏa thuận: Nếu việc chấm dứt hợp đồng và trả lại bất động sản là do thỏa thuận giữa các bên, không thuộc trường hợp hủy bỏ hợp đồng theo Bộ luật Dân sự.

Sự phân biệt này rất quan trọng vì nó ảnh hưởng trực tiếp đến cách thức xử lý hóa đơn điện tử và kê khai thuế GTGT.

2. Danh mục hồ sơ cần chuẩn bị

Để kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản, doanh nghiệp cần chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ bao gồm các giấy tờ sau:

• Hợp đồng mua bán bất động sản gốc: Bản sao có công chứng hoặc bản gốc để đối chiếu.
• Văn bản chấm dứt/hủy bỏ hợp đồng: Đây là tài liệu quan trọng nhất, cần ghi rõ lý do chấm dứt/hủy bỏ, ngày hiệu lực, và các điều khoản về việc hoàn trả tài sản, tiền bạc giữa các bên. Văn bản này phải được lập theo đúng quy định của pháp luật dân sự và có chữ ký của các bên liên quan.
• Hóa đơn GTGT đã lập: Bản sao các hóa đơn GTGT đã xuất cho giao dịch bất động sản ban đầu.
• Hóa đơn điều chỉnh/thay thế (nếu có): Nếu doanh nghiệp đã thực hiện điều chỉnh hóa đơn theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.
• Chứng từ thanh toán/hoàn trả tiền: Sao kê ngân hàng, phiếu chi, hoặc các chứng từ khác chứng minh việc hoàn trả tiền đã nhận cho bên mua.
• Tờ khai thuế GTGT của kỳ phát sinh sai sót: Bản sao tờ khai thuế GTGT của kỳ mà hóa đơn gốc đã được kê khai.
• Tờ khai bổ sung thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT và Mẫu 01/KHBS): Các mẫu này cần được điền đầy đủ thông tin theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế.
• Các tài liệu khác liên quan: Ví dụ như biên bản đối chiếu công nợ, biên bản bàn giao tài sản (nếu có), các văn bản trao đổi giữa các bên.

Quy trình thực hiện kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản từng bước chi tiết

Quy trình kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản đòi hỏi sự cẩn trọng và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định pháp luật. Dưới đây là các bước chi tiết mà doanh nghiệp cần thực hiện:

Bước 1: Xác định lại nghĩa vụ thuế GTGT và xử lý hóa đơn điện tử

Đây là bước đầu tiên và quan trọng nhất, quyết định cách thức xử lý tiếp theo.

1. Xác định bản chất việc chấm dứt hợp đồng:
   • Nếu là hủy bỏ hợp đồng theo Điều 422, 427 Bộ luật Dân sự 2015 (ví dụ: do không đủ điều kiện giao dịch theo pháp luật kinh doanh bất động sản), hợp đồng được coi là không có hiệu lực từ thời điểm giao kết.
   • Nếu là chấm dứt hợp đồng do thỏa thuận giữa các bên, không thuộc trường hợp hủy bỏ.
2. Xử lý hóa đơn điện tử đã lập:
   • Theo điểm c.4 khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, đối với trường hợp người bán đã lập hóa đơn khi thu tiền trước khi cung cấp dịch vụ hoặc lập hóa đơn thu tiền đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, nhà chuyển nhượng sau đó phát sinh việc hủy hoặc chấm dứt giao dịch và hủy một phần việc cung cấp dịch vụ, thì người bán thực hiện điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập.
   • Việc điều chỉnh hóa đơn được thực hiện theo quy định tại điểm c.1 khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, tức là người bán lập hóa đơn điều chỉnh giảm hoặc tăng (tùy trường hợp) cho hóa đơn đã lập có sai sót. Hóa đơn điều chỉnh phải ghi rõ “Điều chỉnh cho hóa đơn mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”.

Bước 2: Lập hồ sơ khai bổ sung thuế GTGT

Sau khi đã xử lý hóa đơn điện tử, doanh nghiệp tiến hành lập hồ sơ khai bổ sung.

3. Xác định kỳ tính thuế có sai sót: Việc kê khai bổ sung được thực hiện cho kỳ tính thuế mà hóa đơn gốc đã được kê khai.
4. Lập Tờ khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS):
   • Doanh nghiệp sử dụng Mẫu 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư của Bộ Tài chính để khai bổ sung.
   • Trên tờ khai bổ sung, doanh nghiệp sẽ điều chỉnh các chỉ tiêu liên quan đến doanh thu và thuế GTGT đầu ra đã kê khai của kỳ có sai sót.
   • Nếu việc trả lại bất động sản làm giảm doanh thu và thuế GTGT đầu ra, doanh nghiệp sẽ ghi số chênh lệch giảm vào các chỉ tiêu tương ứng.
5. Lập Tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT) của kỳ hiện tại:
   • Theo khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trường hợp việc khai bổ sung làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau thì người nộp thuế khai số thuế chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện sai, sót.
   • Do đó, sau khi lập Mẫu 01/KHBS cho kỳ có sai sót, doanh nghiệp cần điều chỉnh số liệu trên Tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại (kỳ phát hiện sai sót) để phản ánh sự thay đổi về số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau (nếu có).

Bước 3: Nộp hồ sơ khai bổ sung cho cơ quan thuế

Sau khi hoàn tất việc lập hồ sơ, doanh nghiệp tiến hành nộp cho cơ quan thuế.

6. Nộp hồ sơ khai bổ sung:
   • Hồ sơ khai bổ sung được nộp điện tử thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc phần mềm hỗ trợ kê khai thuế.
   • Thời hạn nộp hồ sơ khai bổ sung là trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót (Khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025).
7. Xử lý số tiền thuế chênh lệch:
   • Nếu việc khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT phải nộp: Doanh nghiệp được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp đã tính (nếu có) và xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định (Khoản 5 Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Số tiền nộp thừa có thể được bù trừ vào kỳ sau hoặc đề nghị hoàn thuế.
   • Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT phải nộp: Doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền phải nộp tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có) vào ngân sách nhà nước.

Ví dụ minh họa về kê khai bổ sung thuế GTGT:

Công ty B là chủ đầu tư bất động sản tại Việt Nam. Vào Quý 1/2025, Công ty B đã bán một căn hộ với giá 5 tỷ VNĐ (chưa bao gồm GTGT) và đã xuất hóa đơn GTGT với thuế suất 10%, tổng cộng 5.5 tỷ VNĐ. Thuế GTGT đầu ra đã kê khai là 500 triệu VNĐ. Đến Quý 3/2026, do người mua không đủ điều kiện tài chính, hai bên thỏa thuận chấm dứt hợp đồng và Công ty B hoàn trả toàn bộ số tiền đã nhận. Công ty B đã lập hóa đơn điều chỉnh giảm toàn bộ giá trị căn hộ và thuế GTGT.

• Bước 1: Xử lý hóa đơn: Công ty B lập hóa đơn điều chỉnh giảm toàn bộ giá trị 5 tỷ VNĐ và thuế GTGT 500 triệu VNĐ, ghi rõ điều chỉnh cho hóa đơn gốc của Quý 1/2025.
• Bước 2: Lập hồ sơ khai bổ sung:
  • Công ty B lập Mẫu 01/KHBS cho kỳ Quý 1/2025, điều chỉnh giảm doanh thu 5 tỷ VNĐ và thuế GTGT đầu ra 500 triệu VNĐ.
  • Trên Tờ khai thuế GTGT của Quý 3/2026 (kỳ phát hiện sai sót), Công ty B sẽ điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau (nếu có) hoặc điều chỉnh giảm số thuế GTGT phải nộp của kỳ này tương ứng với số thuế GTGT đã điều chỉnh giảm từ hóa đơn.
• Bước 3: Nộp hồ sơ và xử lý tiền thuế: Công ty B nộp Mẫu 01/KHBS cho Quý 1/2025 và Tờ khai 01/GTGT cho Quý 3/2026. Nếu việc điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT phải nộp của Quý 1/2025, Công ty B sẽ được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp (nếu có) và xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định.

Chi phí và thời gian xử lý khi kê khai bổ sung thuế GTGT

Việc kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản không phát sinh các khoản phí hành chính trực tiếp từ cơ quan thuế. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu ý đến các chi phí tiềm ẩn và thời gian xử lý liên quan.

1. Chi phí tiềm ẩn

Mặc dù không có phí nộp hồ sơ, doanh nghiệp có thể phải đối mặt với các chi phí sau nếu không thực hiện đúng quy định:

• Tiền chậm nộp thuế: Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp và doanh nghiệp nộp chậm, tiền chậm nộp sẽ được tính theo quy định tại Điều 15 Luật Quản lý thuế 2025 và Khoản 5 Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Mức tính tiền chậm nộp là 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.
• Phạt vi phạm hành chính về thuế: Nếu việc kê khai sai sót dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc trốn thuế, doanh nghiệp có thể bị phạt hành chính theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế. Mức phạt có thể từ 10% đến 20% số tiền thuế khai thiếu, hoặc cao hơn tùy mức độ vi phạm.
• Chi phí tư vấn: Trong trường hợp phức tạp, doanh nghiệp có thể cần thuê các chuyên gia tư vấn thuế hoặc kế toán để đảm bảo việc kê khai đúng quy định, tránh sai sót.

2. Thời gian xử lý

Thời gian xử lý hồ sơ khai bổ sung phụ thuộc vào nhiều yếu tố, bao gồm sự phức tạp của hồ sơ, tính đầy đủ và chính xác của thông tin, và khối lượng công việc của cơ quan thuế.

Giải đáp các câu hỏi thường gặp về kê khai bổ sung thuế GTGT khi trả lại bất động sản

Dưới đây là một số câu hỏi thường gặp mà các kế toán viên và chủ doanh nghiệp tại Việt Nam thường đặt ra khi đối mặt với tình huống trả lại bất động sản và cần kê khai bổ sung thuế GTGT.

Khi nào doanh nghiệp cần điều chỉnh hóa đơn điện tử thay vì hủy hóa đơn khi trả lại bất động sản?

Theo điểm c.4 khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, trong trường hợp người bán đã lập hóa đơn khi thu tiền trước hoặc đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, sau đó phát sinh việc hủy hoặc chấm dứt giao dịch, người bán phải thực hiện điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập. Việc hủy hóa đơn chỉ áp dụng trong một số trường hợp cụ thể như hóa đơn lập sai nhưng chưa gửi cho người mua hoặc chưa kê khai thuế. Đối với giao dịch bất động sản đã kê khai và có phát sinh việc hoàn trả, điều chỉnh là phương án đúng đắn để đảm bảo tính liên tục và minh bạch của dữ liệu hóa đơn.

Thời hạn tối đa để kê khai bổ sung thuế GTGT cho giao dịch bất động sản bị hủy là bao lâu?

Căn cứ Khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Điều này có nghĩa là doanh nghiệp có 5 năm để thực hiện việc điều chỉnh và kê khai bổ sung thuế GTGT cho các giao dịch bất động sản bị hủy hoặc chấm dứt.

Nếu việc hủy hợp đồng làm giảm số thuế GTGT phải nộp, doanh nghiệp có được hoàn lại tiền chậm nộp đã tính không?

Có. Theo Khoản 5 Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, nếu người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp, thì người nộp thuế được điều chỉnh số tiền chậm nộp đã tính tương ứng với số tiền thuế chênh lệch giảm. Điều này đảm bảo quyền lợi của doanh nghiệp khi đã nộp thừa tiền thuế và tiền chậm nộp do sai sót ban đầu.

Tổng kết quy trình và các bước tiếp theo để tuân thủ thuế GTGT

Việc xử lý thuế GTGT khi trả lại bất động sản là một nghiệp vụ kế toán – thuế phức tạp, đòi hỏi sự hiểu biết sâu sắc về cả Bộ luật Dân sự và các quy định pháp luật về thuế tại Việt Nam. Công văn 6687/CT-QLNT năm 2026 đã cung cấp những hướng dẫn cụ thể, giúp doanh nghiệp có cơ sở để thực hiện đúng đắn.

Tóm lại, các bước cốt lõi mà doanh nghiệp cần ghi nhớ bao gồm:

1. Xác định rõ bản chất pháp lý của việc chấm dứt/hủy bỏ hợp đồng để áp dụng đúng quy định.
2. Thực hiện điều chỉnh hóa đơn điện tử theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, đảm bảo tính hợp lệ của chứng từ.
3. Lập và nộp hồ sơ khai bổ sung thuế GTGT (Mẫu 01/KHBS và điều chỉnh trên Mẫu 01/GTGT kỳ hiện tại) trong thời hạn 05 năm.
4. Xử lý các khoản thuế chênh lệch và tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Để đảm bảo tuân thủ tuyệt đối và tránh các rủi ro pháp lý, doanh nghiệp cần thường xuyên cập nhật các quy định mới nhất từ Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế. Việc chủ động rà soát, đối chiếu hồ sơ và thực hiện kê khai bổ sung kịp thời không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các mức phạt mà còn duy trì sự minh bạch trong hoạt động kinh doanh.

Nếu doanh nghiệp bạn đang gặp khó khăn trong việc xác định các trường hợp hủy bỏ/chấm dứt hợp đồng bất động sản, xử lý hóa đơn điện tử hay cần hỗ trợ chi tiết về quy trình kê khai bổ sung thuế GTGT theo Công văn 6687/CT-QLNT năm 2026 và các quy định pháp luật hiện hành tại Việt Nam, ANC Việt Nam có thể tư vấn chuyên sâu và hỗ trợ thực hiện các thủ tục này. Hãy liên hệ với chúng tôi qua hotline 0942597477 để được giải đáp mọi thắc mắc và đảm bảo tuân thủ thuế hiệu quả nhất.