Kê khai bổ sung hợp đồng nhà thầu nước ngoài 2026: Hướng dẫn chi tiết theo Thông tư 90

Trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế sâu rộng, việc các doanh nghiệp Việt Nam hợp tác với các nhà thầu nước ngoài ngày càng trở nên phổ biến. Tuy nhiên, đi kèm với cơ hội là những thách thức về tuân thủ pháp luật thuế, đặc biệt là thuế nhà thầu nước ngoài (Foreign Contractor Tax – FCT). Một trong những tình huống thường gặp là khi doanh nghiệp Việt Nam đã có mã số thuế nộp thay cho thuế nhà thầu trước đó, nhưng lại phát sinh thêm các hợp đồng mới với nhà thầu nước ngoài. Vậy, làm thế nào để xử lý đúng quy định, tránh những rủi ro pháp lý không đáng có?

Bài viết này của ANC Việt Nam sẽ cung cấp một hướng dẫn chi tiết, từng bước về quy trình kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài theo các quy định mới nhất, đặc biệt là Thông tư 90/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026. Chúng tôi sẽ đi sâu vào các điều kiện, hồ sơ, quy trình thực hiện, thời hạn và giải đáp các câu hỏi thường gặp để giúp doanh nghiệp Việt Nam tự tin hơn trong việc tuân thủ nghĩa vụ thuế.

Tại sao việc kê khai bổ sung hợp đồng nhà thầu nước ngoài là cực kỳ quan trọng cho doanh nghiệp Việt Nam năm 2026?

Nhiều doanh nghiệp Việt Nam có giao dịch với nhà thầu nước ngoài thường gặp khó khăn trong việc tuân thủ các quy định về thuế nhà thầu (FCT) khi phát sinh hợp đồng mới. Việc không nắm rõ hoặc bỏ qua các thủ tục kê khai bổ sung có thể dẫn đến những hậu quả nghiêm trọng, từ các khoản phạt hành chính đáng kể đến việc ảnh hưởng tiêu cực đến uy tín và hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.

Theo quy định pháp luật thuế tại Việt Nam, đặc biệt là Thông tư 90/2026/TT-BTC hướng dẫn về đăng ký thuế, bên Việt Nam (tổ chức, cá nhân khấu trừ, nộp thay thuế) có vai trò là người nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài. Điều này có nghĩa là trách nhiệm kê khai, khấu trừ và nộp thuế nhà thầu thuộc về doanh nghiệp Việt Nam. Khi một doanh nghiệp Việt Nam đã được cấp mã số thuế nộp thay cho thuế nhà thầu và sau đó ký kết thêm một hợp đồng mới với một nhà thầu nước ngoài khác, việc kê khai bổ sung thông tin hợp đồng là một nghĩa vụ bắt buộc.

Mục đích của việc kê khai bổ sung là để cơ quan thuế địa phương có đầy đủ thông tin về các giao dịch phát sinh, từ đó quản lý chặt chẽ nghĩa vụ thuế của nhà thầu nước ngoài tại Việt Nam. Nếu doanh nghiệp không thực hiện đúng quy trình này, cơ quan thuế có thể coi đây là hành vi vi phạm quy định về đăng ký thuế hoặc kê khai thuế, dẫn đến việc áp dụng các mức phạt theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

Do đó, việc hiểu rõ và thực hiện đúng các bước kê khai bổ sung không chỉ là tuân thủ pháp luật mà còn là cách để doanh nghiệp bảo vệ mình khỏi những rủi ro không đáng có, đảm bảo hoạt động kinh doanh diễn ra suôn sẻ và minh bạch.

Điều kiện và Hồ sơ cần chuẩn bị khi phát sinh thêm hợp đồng nhà thầu nước ngoài mới theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

Để thực hiện việc kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài một cách chính xác, doanh nghiệp Việt Nam cần nắm rõ các điều kiện áp dụng và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định của pháp luật.

1. Điều kiện áp dụng kê khai bổ sung

Việc kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài áp dụng khi đáp ứng các điều kiện sau:

• Bên Việt Nam đã có mã số thuế nộp thay: Doanh nghiệp Việt Nam đã được cơ quan thuế cấp mã số thuế 10 chữ số (gọi là mã số thuế nộp thay) để kê khai, nộp thay thuế cho các nhà thầu nước ngoài theo quy định tại điểm e khoản 2 Điều 5 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
• Phát sinh thêm hợp đồng mới: Doanh nghiệp ký kết thêm một hoặc nhiều hợp đồng mới với nhà thầu nước ngoài hoặc nhà thầu phụ nước ngoài, sau khi đã được cấp mã số thuế nộp thay ban đầu.
• Hợp đồng thuộc đối tượng chịu thuế nhà thầu: Hợp đồng mới phát sinh phải thuộc diện chịu thuế nhà thầu nước ngoài theo quy định của pháp luật thuế Việt Nam (ví dụ: hợp đồng cung cấp dịch vụ, chuyển giao công nghệ, cho thuê máy móc thiết bị, v.v.).

2. Hồ sơ cần chuẩn bị

Khi phát sinh thêm hợp đồng nhà thầu nước ngoài mới, bên Việt Nam cần chuẩn bị các giấy tờ sau:

• Bảng kê các hợp đồng nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài nộp thuế thông qua bên Việt Nam (Mẫu số BK04.1-ĐKT): Đây là tài liệu quan trọng nhất, được ban hành kèm theo Phụ lục 2 của Thông tư 90/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp cần điền đầy đủ và chính xác các thông tin về hợp đồng mới phát sinh vào bảng kê này.
• Bản sao hợp đồng nhà thầu nước ngoài mới phát sinh và các phụ lục (nếu có): Mặc dù không phải là tài liệu bắt buộc phải nộp kèm theo Bảng kê BK04.1-ĐKT cho cơ quan thuế trong quy trình kê khai bổ sung thông tin hợp đồng, doanh nghiệp cần lưu giữ cẩn thận để phục vụ công tác kiểm tra, đối chiếu của cơ quan thuế khi có yêu cầu.
• Các tài liệu liên quan khác: Tùy theo tính chất của hợp đồng và yêu cầu cụ thể của cơ quan thuế, doanh nghiệp có thể cần chuẩn bị thêm các giấy tờ như chứng từ thanh toán, giấy phép kinh doanh của nhà thầu nước ngoài, hoặc các văn bản thỏa thuận khác để giải trình khi cần.

Hướng dẫn chi tiết quy trình kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài tại Việt Nam

Sau khi đã nắm rõ các điều kiện và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, doanh nghiệp Việt Nam cần thực hiện quy trình kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài theo các bước sau:

1. Lập Bảng kê BK04.1-ĐKT

• Tải mẫu: Doanh nghiệp truy cập vào trang thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc các cổng thông tin pháp luật uy tín để tải về Mẫu số BK04.1-ĐKT ban hành kèm theo Phụ lục 2 của Thông tư 90/2026/TT-BTC.
• Điền thông tin: Cần điền đầy đủ và chính xác các thông tin về hợp đồng nhà thầu nước ngoài mới phát sinh vào bảng kê. Các thông tin cơ bản bao gồm: tên nhà thầu nước ngoài, mã số thuế (nếu có), số hợp đồng, ngày ký hợp đồng, giá trị hợp đồng, loại hình hoạt động, và các thông tin khác theo yêu cầu của mẫu biểu. Đảm bảo rằng các thông tin này khớp với hợp đồng thực tế.

2. Nộp hồ sơ kê khai bổ sung

• Phương thức nộp: Hồ sơ kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài (chủ yếu là Bảng kê BK04.1-ĐKT) có thể được nộp theo một trong các phương thức sau:
1. Nộp điện tử: Thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (eTax) hoặc các phần mềm hỗ trợ kê khai thuế. Đây là phương thức được khuyến khích để tiết kiệm thời gian và chi phí.
2. Nộp trực tiếp: Tại bộ phận một cửa của cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên Việt Nam. Ví dụ, các doanh nghiệp tại khu vực Long Biên, Hà Nội sẽ nộp tại Chi cục Thuế Long Biên.
3. Nộp qua đường bưu chính: Gửi hồ sơ qua dịch vụ bưu chính công ích đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Cơ quan tiếp nhận: Hồ sơ được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên Việt Nam (tổ chức, cá nhân khấu trừ, nộp thay thuế).

3. Thời hạn nộp hồ sơ

Thông tư 90/2026/TT-BTC không quy định cụ thể thời hạn nộp Bảng kê BK04.1-ĐKT khi phát sinh thêm hợp đồng mới. Tuy nhiên, theo nguyên tắc chung về quản lý thuế và đăng ký thuế, doanh nghiệp nên thực hiện việc kê khai bổ sung này ngay khi phát sinh hợp đồng mới hoặc chậm nhất là cùng với thời điểm kê khai thuế nhà thầu lần đầu cho hợp đồng đó. Việc chủ động và kịp thời sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro về chậm trễ hoặc thiếu sót thông tin.

Lưu ý quan trọng và các câu hỏi thường gặp về kê khai bổ sung FCT

Để đảm bảo quá trình kê khai bổ sung diễn ra thuận lợi, doanh nghiệp cần lưu ý một số điểm quan trọng và giải đáp các thắc mắc thường gặp:

1. Phân biệt mã số thuế nộp thay và mã số thuế 13 chữ số của nhà thầu

Theo điểm e khoản 2 Điều 5 Thông tư 90/2026/TT-BTC, bên Việt Nam được cấp mã số thuế 10 chữ số (mã số thuế nộp thay) để kê khai, nộp thay thuế. Mỗi nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài được bên Việt Nam kê khai, nộp thay thuế có thể được cấp mã số thuế 13 chữ số theo mã số thuế nộp thay của bên Việt Nam nếu có nhu cầu cấp mã số thuế riêng để xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế. Việc kê khai bổ sung thông tin hợp đồng mới sẽ được thực hiện dưới mã số thuế nộp thay 10 chữ số của bên Việt Nam.

2. Xử lý khi có nhiều hợp đồng với cùng một nhà thầu nước ngoài

Nếu doanh nghiệp ký thêm hợp đồng mới với một nhà thầu nước ngoài mà trước đó đã có hợp đồng và đã được cấp mã số thuế nộp thay, doanh nghiệp vẫn thực hiện kê khai bổ sung thông tin hợp đồng mới vào Bảng kê BK04.1-ĐKT. Mục đích là để cơ quan thuế có đầy đủ thông tin về tất cả các giao dịch phát sinh với nhà thầu đó.

3. Tầm quan trọng của việc lưu trữ hồ sơ

Mặc dù không phải tất cả các tài liệu đều được nộp kèm, việc lưu trữ đầy đủ và có hệ thống các hợp đồng, phụ lục, chứng từ thanh toán và các văn bản liên quan là cực kỳ quan trọng. Điều này giúp doanh nghiệp dễ dàng giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra, đồng thời là bằng chứng tuân thủ nghĩa vụ thuế.

4. Hỗ trợ từ ANC Việt Nam

Với kinh nghiệm chuyên sâu trong lĩnh vực thuế và kế toán tại Việt Nam, đặc biệt là các vấn đề liên quan đến thuế nhà thầu nước ngoài, ANC Việt Nam sẵn sàng hỗ trợ doanh nghiệp trong việc rà soát, chuẩn bị hồ sơ và thực hiện quy trình kê khai bổ sung thông tin hợp đồng. Chúng tôi cam kết mang đến dịch vụ tư vấn chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định pháp luật và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế.

Kết luận

Việc kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài khi phát sinh hợp đồng mới là một nghĩa vụ pháp lý quan trọng đối với các doanh nghiệp Việt Nam đã có mã số thuế nộp thay. Theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, bên Việt Nam cần chủ động lập và nộp Bảng kê BK04.1-ĐKT một cách chính xác và kịp thời. Tuân thủ đúng quy trình này không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro pháp lý và phạt hành chính mà còn góp phần xây dựng môi trường kinh doanh minh bạch, bền vững. Hãy đảm bảo rằng doanh nghiệp của bạn luôn cập nhật và thực hiện đúng các quy định thuế để hoạt động hiệu quả tại Việt Nam.