Hướng dẫn khai bổ sung làm tăng giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ từ 01/7/2026: Quy định mới nhất cho doanh nghiệp tại Hà Nội
Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT) là một nghiệp vụ kế toán thường xuyên nhưng cũng tiềm ẩn nhiều rủi ro nếu không thực hiện đúng quy định. Đặc biệt, từ ngày 01/7/2026, các quy định về khai bổ sung thuế GTGT đã có những điều chỉnh quan trọng theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, ảnh hưởng trực tiếp đến việc điều chỉnh số thuế GTGT còn được khấu trừ. Các doanh nghiệp, kế toán viên và chủ thể kinh doanh tại Việt Nam, đặc biệt là tại khu vực Long Biên, Hà Nội, cần nắm vững những thay đổi này để đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế.
Sai sót trong kê khai thuế GTGT, dù là tăng hay giảm số thuế còn được khấu trừ, đều có thể gây ra những hệ lụy nghiêm trọng, từ việc bị truy thu thuế, phạt chậm nộp, đến ảnh hưởng uy tín của doanh nghiệp trước cơ quan thuế. Việc hiểu rõ và thực hiện đúng quy trình khai bổ sung không chỉ giúp doanh nghiệp điều chỉnh các sai sót kịp thời, tránh các khoản phạt không đáng có mà còn đảm bảo tính minh bạch, chính xác trong nghĩa vụ thuế. Đối với các trường hợp liên quan đến hoàn thuế, việc khai bổ sung không đúng quy định có thể dẫn đến việc bị hủy hồ sơ hoàn thuế hoặc phải nộp lại số tiền đã được hoàn cùng với tiền chậm nộp.
Bài viết này sẽ cung cấp một hướng dẫn chi tiết, từng bước về cách khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT làm tăng hoặc giảm số thuế còn được khấu trừ, áp dụng từ ngày 01/7/2026 theo các quy định mới nhất của Thông tư 89/2026/TT-BTC. Chúng tôi sẽ đi sâu vào các trường hợp cụ thể và cách thức kê khai điều chỉnh trên tờ khai thuế GTGT.
Quy trình khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC
Theo Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, quy trình khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng để điều chỉnh số thuế GTGT còn được khấu trừ được hướng dẫn cụ thể như sau. Người nộp thuế cần xác định rõ trường hợp của mình để áp dụng đúng phương pháp kê khai điều chỉnh.
1. Trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau
Khi người nộp thuế phát hiện sai sót trong hồ sơ khai thuế đã nộp mà sai sót đó chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai sót (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót), người nộp thuế cần thực hiện các bước sau:
- Lập hồ sơ khai bổ sung: Người nộp thuế phải lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót. Hồ sơ này sẽ phản ánh các điều chỉnh cần thiết để khắc phục sai sót.
- Kê khai điều chỉnh trên tờ khai thuế GTGT: Sau khi xác định được số thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai sót, người nộp thuế sẽ kê khai số thuế điều chỉnh tăng này vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót. Việc này đảm bảo rằng số thuế GTGT được khấu trừ tăng thêm sẽ được ghi nhận đúng kỳ và ảnh hưởng đến số thuế phải nộp hoặc được khấu trừ của các kỳ tiếp theo.
Việc tuân thủ đúng quy trình này giúp doanh nghiệp điều chỉnh kịp thời các sai sót, tránh phát sinh các vấn đề về thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế.
2. Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau
Đối với trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai sót, quy trình thực hiện sẽ có sự khác biệt tùy thuộc vào việc người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế hay chưa. Dưới đây là các trường hợp cụ thể:
2.1. Khi người nộp thuế chưa đề nghị hoàn thuế
Nếu người nộp thuế phát hiện sai sót làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai sót và chưa đề nghị hoàn thuế (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót), quy trình thực hiện như sau:
- Lập hồ sơ khai bổ sung: Người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.
- Kê khai điều chỉnh trên tờ khai thuế GTGT: Số tiền thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai sót sẽ được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót. Điều này giúp giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau một cách chính xác.
2.2. Khi người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn thuế
Trong trường hợp người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế, và hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp phải hủy theo quy định tại khoản 2 Điều 47 Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế cần thực hiện các bước sau:
- Gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế: Người nộp thuế phải gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
- Kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn: Đồng thời, người nộp thuế kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.
- Kê khai điều chỉnh tăng số thuế được khấu trừ: Số tiền thuế GTGT đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai sót, nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định, sẽ được khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.
2.3. Khi người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế
Nếu người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước, nhưng sau đó phát hiện sai sót làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau, người nộp thuế phải thực hiện các bước sau:
- Khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn: Người nộp thuế khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn tại chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.
- Tăng số tiền thuế thu hồi hoàn: Đồng thời, người nộp thuế phải tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.
- Nộp tiền thuế thu hồi hoàn và tiền chậm nộp: Người nộp thuế có nghĩa vụ nộp số tiền thuế thu hồi hoàn vào ngân sách nhà nước cùng với tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật.
- Kê khai điều chỉnh tăng số thuế được khấu trừ: Tương tự như trường hợp trên, số tiền thuế GTGT đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai sót, nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định, sẽ được khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.
Trường hợp này đòi hỏi sự cẩn trọng đặc biệt vì liên quan đến việc thu hồi tiền đã hoàn và tính tiền chậm nộp, ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp.
Kết luận
Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT làm tăng hoặc giảm số thuế còn được khấu trừ là một nghiệp vụ phức tạp, đòi hỏi sự chính xác và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định của Thông tư 89/2026/TT-BTC. Từ ngày 01/7/2026, các doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến các hướng dẫn chi tiết về cách kê khai điều chỉnh trên tờ khai thuế GTGT cho từng trường hợp cụ thể. Việc nắm vững và áp dụng đúng các quy định này không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro pháp lý và phạt hành chính mà còn góp phần xây dựng một hệ thống kế toán minh bạch và hiệu quả. Nếu có bất kỳ vướng mắc nào, việc tham vấn các chuyên gia thuế hoặc cơ quan thuế tại Chi cục Thuế Long Biên hoặc Cục Thuế Hà Nội là điều cần thiết để đảm bảo tuân thủ tối đa.